CalC simple buffer下載 - CalC simple buffer原始碼下載

CalC simple buffer

其他源碼

v6.10.7+

下載

鈣計算器 (CalC) [簡單緩衝版本 6.xx]

由 NJIT 數學科學系 Victor Matveev 開發（2003-2023）
初步開發（2001-2003）：生物模型實驗室、NIDDK、NIH
複雜緩衝液的版本（兩個鈣結合位點）在此儲存庫中
透過電子郵件將任何錯誤報告（確保包含您的腳本）發送至：[email protected]

CalC（「鈣計算器」）是一種模擬細胞內鈣擴散和緩衝的建模工具。 CalC 求解連續反應擴散偏微分方程，描述鈣經由點狀通道進入體積，及其擴散、緩衝和與鈣受體的結合。 CalC 使用交替方向隱式 (ADI) 有限差分法的變體，該方法非常節省 CPU 時間，並且在時間和空間上精確到二階。時間步長在模擬過程中自適應變化。其他主要特點是：

CalC 與平台無關（Windows、OS X、Linux、cygwin 等）
CalC 透過簡單的腳本語言進行操作（具有可選的流程控制功能）。
CalC 可以輕鬆地與 MATLAB 結合，無需任何特殊修改（見下文）。
CalC 允許在任何幾何形狀中進行模擬：笛卡爾 3D、2D 或 1D、極坐標、球形、圓柱形、圓錐形等。
CalC 允許使用任意數量的鈣緩衝液，每個分子有一個或兩個鈣結合位點
CalC 腳本也可以積分常微分方程，例如模擬鈣依賴性胞吐作用。
可以使用xmgrace或freeglut庫即時查看 CalC 結果（見下文）

如果您在發表的作品中使用 CalC，請引用 2002 年 Biophys J 文章，並請向我發送參考文獻，以便在發表時納入 CalC 出版物列表。 CalC 按原樣提供，但我會回覆任何錯誤報告或技術問題。

執照

CalC 是自由軟體：您可以根據自由軟體基金會發布的 GNU 通用公共授權（授權的第 3 版）或（由您選擇）任何更高版本的條款重新散佈和/或修改它。

CalC 的發布是希望它有用，但不提供任何保證；甚至沒有適銷性或特定用途適用性的默示保證。有關更多詳細信息，請參閱 GNU 通用公共許可證。

您應該在此儲存庫中看到 GNU 通用公共授權的副本。如果沒有，請造訪此網址

執行檔

最新版本的Windows和macOS的可執行檔包含在此儲存庫的可執行檔案資料夾中。請注意，不同系統之間的可執行檔的名稱有所不同（顯然，您可以根據需要重新命名它）。在本文檔中，可執行檔由名稱calc引用。如果可執行檔案無法在您的作業系統上執行，請按照下面的編譯說明進行操作。否則，請繼續執行此 README 檔案的執行部分。

彙編

1）Windows：

使用 MSDN Visual Studio 編譯程式碼。 Visual Studio「專案」檔案CalC.vcxproj包含所有必要的依賴項（它位於來源資料夾中）。或者，您可以在 Windows 電腦上安裝 Linux 模擬器 cygwin，並按照下方的 UNIX 安裝說明進行操作。

2）蘋果系統

安裝 XQuartz 和 Xcode。後者將有一個 C++ 編譯器（例如 g++）和某種 make 實用程式來編譯程式碼。然後，運行make 。僅此而已。

3) 非Mac UNIX / LINUX / CygWin

如果您沒有安裝 freeglut，請透過執行make noGraphs進行編譯。這將編譯一個沒有執行時間 OpenGL/GLUT/FreeGlut 圖形的程式版本。

或者，安裝 freeglut 並像往常一樣運行“make”。

執行（所有平台）

僅限 Windows 作業系統，CalC 版本x.10.1或更高版本：確保提供的freeglut.dll存在於包含 calc 執行檔的資料夾中。

如果模型腳本不使用命令列參數，只需按一下可執行檔並在出現提示時輸入腳本檔案名稱（腳本檔案應駐留在同一目錄中）。或者，將您的 CalC 腳本命名為DefaultScripts.txt ，它將在您啟動執行檔後自動執行。

如果您的腳本使用命令列參數，則開啟 shell（對於 Windows，啟動「開始」功能表 -> 執行 -> cmd），前往可執行calc所在的目錄，然後鍵入

calc filename  parList

其中calc是可執行檔的名稱（替換為正確的執行檔名稱 - 請參閱上面的可執行檔資料夾或編譯說明）， fileName是描述模擬的腳本檔的名稱， parList是可選的以空格分隔的命令列列表參數（請參閱手冊）。

為了監視程式輸出和錯誤訊息，請在腳本中包含語句verbose = 4 （或更高的詳細層級）：這將防止 CalC 在完成模擬後自動終止。

數據輸出

文件圖（所有平台）：

模擬結果可以使用靜音繪圖語句即時儲存到檔案中，產生的 ASCII 檔案可由任何具有圖形功能的語言（例如 MATLAB (Mathworks, Inc)）讀取。請參閱演示腳本並參閱手冊以了解詳細資訊。

二進位圖類型允許在模擬過程中的多個時間點保存整個濃度場，並且可以透過範例目錄和演示腳本頁面上提供的腳本使用 MATLAB 讀取和顯示

即時 OpenGL 繪圖：

在腳本中包含命令plot.method gl，以在作業系統視窗中繪製即時變數圖（或一維和二維濃度圖）。在 Windows 作業系統上，確保freeglut.dll動態庫與可執行檔位於相同資料夾中（在儲存庫中提供）。在 macOS 上，GLUT 是預先安裝的（但已棄用）。在其他平台上，您必須在電腦上安裝 GLUT/freeglut，並適當地變更 Makefile 中的連結器指令。

注意：圖形緩衝區刷新因 freeglut 而顯得不穩定，有時圖形不會更新，直到整個腳本運行完成。此外，包含 gl 圖可能會顯著減慢腳本執行速度。因此，gl 圖主要用於初始腳本偵錯。