intervene

幹預

用於交叉和可視化多個基因或基因組區域集的工具

文件

有不同格式的詳細文件： HTML | PDF |電子書

安裝

使用 Conda 快速安裝

conda install -c bioconda intervene

這將安裝所有依賴項，您就可以使用 Intervene 了。

使用 pip 安裝

您可以使用 pip 從 PyPi 安裝 Intervene。

從 PyPi 安裝：

 pip install 幹預

注意：如果使用 pip 安裝，請確保安裝下面列出的 BEDTools 和 R 軟體包。

Intervene 需要以下 Python 模組和 R 套件：

• Python（=> 3.3）：https://www.python.org/
• BedTools（最新版本）：https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools（> = 0.7.9）：https://daler.github.io/pybedtools/
• 熊貓（> = 0.16.0）：http://pandas.pydata.org/
• Seaborn（>= 0.7.1）：http://seaborn.pydata.org/
• R（>= 3.0）：https://www.r-project.org/
• R 軟體套件包括 UpSetR (v1.4.0)、corrplot

安裝 BEDTools

我們使用 pybedtools，它是 BEDTools 的 Python 包裝器。因此，在使用 Intervene 之前應安裝 BEDTools。建議使用最新版本，但如果您已經安裝了舊版本，應該沒問題。

如果您安裝了 conda，則可以快速安裝。

conda install -c bioconda bedtools

請閱讀 https://github.com/arq5x/bedtools2 上的說明來安裝 BEDTools，並確保它位於您的路徑上，並且您可以從任何目錄呼叫 bedtools。

安裝所需的 R 套件

Intervene 需要三個 R 套件：UpSetR、用於視覺化的 corrplot 和 Cairo 來產生高品質的向量和點陣圖。

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

從源安裝 Intervene

您可以使用 GitHub 或 Bitbucket 中的git安裝開發版本。

從 Bitbucket 安裝開發版本

如果您安裝了 git，請使用以下命令：

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

從 GitHub 安裝開發版本

如果您安裝了 git，請使用以下命令：

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

如何使用乾預

安裝 Intervene 後，您可以輸入：

intervene --help

這將顯示以下幫助訊息。

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

要查看這三個子命令的幫助，請輸入pairwise 、 venn和upset ：

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

對測試數據運行幹預

若要使用範例資料執行 Intervene，請使用以下命令。若要存取測試數據，請確保您具有sudo或root存取權限。

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

如果您從原始程式碼本機安裝了 Intervene，則可能無法找到測試資料。您可以在此處下載測試資料 https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data 並使用-i而不是--test指向它。

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

上述三個測試指令將產生以下三個圖形（a、b和c）。

預設情況下，您的結果將儲存在目前工作目錄中，並包含一個名為Intervene_results的資料夾。如果您希望將結果保存在特定資料夾中，您可以鍵入：

幹預不安 --test --output ~/path/to/your/folder

互動閃亮應用程式

Intervene Shiny 應用程式可在 https://asntech.shinyapps.io/intervene 或 https://intervene.shinyapps.io/intervene 免費取得

Shiny 應用程式的原始程式碼位於 https://github.com/asntech/intervene-shiny

支援

如果您有疑問或發現程式中存在任何錯誤，請寫信給我們azez.khan[at]gmail.com

引用我們

如果您使用 Intervene，請引用我們： Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7