lightdock

1. 概要

LightDock是基於 Glowworm Swarm Optimization (GSO) 演算法的蛋白質-蛋白質、蛋白質-勝肽和蛋白質-DNA 對接框架。

LightDock框架具有很強的通用性，有許多選項可供用戶進一步開發和優化：它可以接受任何用戶定義的評分函數，可以使用局部無梯度最小化，模擬可以從一開始就受到約束，集中在用戶指定的相互作用區域，它支持受體和配體伴侶中的殘基限制。

2. 參考資料

LightDock 協議和利用殘留限制的更新已發表在《牛津生物資訊學》雜誌上。如果您在研究中使用 LightDock，請引用這些參考文獻：

LightDock：一種新的多尺度蛋白質-蛋白質對接方法
布萊恩·希門尼斯-加西亞、豪爾赫·羅爾-圖里斯、米格爾·羅梅羅-杜拉納、米克爾·維達爾、丹尼爾·希門尼斯-岡薩雷斯和胡安費爾南德斯-雷西奧
生物資訊學，第 34 卷，第 1 期，2018 年 1 月 1 日，第 49-55 頁，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555

LightDock 走向資訊驅動
豪爾赫·羅爾-圖里斯、亞歷山大·MJJ·邦萬、布萊恩·希門尼斯-加西亞
生物資訊學，btz642； doi：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642

膜相關蛋白組件的綜合建模
豪爾赫·羅爾-圖里斯、布萊恩·希門尼斯-加西亞和亞歷山大·MJJ·邦文
自然通訊11 , 6210 (2020); doi：https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5

3. 安裝

Lightdock 軟體相容且經過以下作業系統的測試：

• macOS ：El Capitan、Sierra、High Sierra、莫哈韋、卡塔利娜。
• GNU/Linux ：Ubuntu 16+、Debian Stretch+、Scientific Linux 6+、CentOS 6+。
• 100%相容Google Colab平台

儘管該協議的許多部分可能能夠運行，但 Microsoft Windows 並未得到正式支援。請自行承擔使用風險。如果您希望參與 Windows 版 LightDock 的測試和開發，請與我們聯絡。

3.1.依賴關係

LightDock 具有以下相依性：

• NumPy (http://www.numpy.org/)
• Scipy (http://www.scipy.org/)
• Cython (http://cython.org/)
• ProDy (http://prody.csb.pitt.edu/)
• Freesasa (http://freesasa.github.io/)

可選的依賴項是：

• MPI4py（如果您打算使用 MPI 支持，http://pythonhosted.org/mpi4py/）

3.2.安裝 LightDock

安裝 LightDock 的最快方法是使用pip ：

pip install lightdock

4. 發展

如需開發和擴充 LightDock 程式碼，請遵循以下說明：

4.1.複製

克隆此存儲庫：

git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git

4.2.編譯 Python C 和 Cython 擴展

請確保依賴項已安裝（透過 pip、套件管理器等）：

• numpy>=1.17.1
• scipy>=1.3.1
• 賽通>=0.29.13
• 產品>=1.10.11
• 自由莎莎>=2.0.3

建議建立虛擬環境並安裝：

virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .

如果不使用 pip 或 setuptools 進行開發，可以使用 bash 腳本來編譯所有擴充功能：

 cd lightdock
./setup.sh

4.3.將 Lightdock 新增到您的路徑中

將以下行加入到~/.bashrc檔案中，不要忘記更改/path/to/lightdock ：

 # LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME

不要忘記應用程式更改：

 source ~ /.bashrc

4.4.測試

您可以執行 LightDock 測試：

 cd lightdock
nosetests

5. 文件

有關如何運行 LightDock 協議的完整文件以及多個教程和用例，請訪問 https://lightdock.org/tutorials。

6. 尋求協助

LightDock 正在積極開發中，可能會出現一些問題，或者您可能需要額外的幫助才能運行 LightDock。在這些情況下，有兩種主要方法可以獲得幫助：

1. 如果您的問題已被報告，請閱讀常見問題解答
2. 在此存儲庫中開啟一個新問題
3. 或寫郵件至[email protected]（我們將盡力盡快回答您的問題）

7. 許可

LightDock 可在 GPLv3 許可證下使用。有關更多詳細信息，請參閱許可證文件。