IDSL.CSA

IDSL.CSA

用於質譜數據分析的複合光譜分析（IDSL.CSA） R軟件包已由代謝組學的綜合數據科學實驗室（IDSL.ME）開發了。該軟件包可用於通過各種分析方法（例如僅MS1複合光譜反捲積分析（ CSA ），數據依賴性獲取（ DDA ）和各種不依賴數據依賴性習得（ DIA ）在內的各種分析方法獲得的破碎光譜的反捲積，包括MS ^E ，全離子碎片（AIF）和Swath-MS分析。 IDSL.CSA軟件包的目的是協助簡化數據分析過程並改善代謝組學和Exposomics領域的整體化學結構註釋。

目錄

• IDSL.CSA的功能
• 安裝
• 工作流程
• 快速批處理示例
• Wiki
• 引用

IDSL.CSA的功能

1. 通過用戶友好且描述良好的參數電子表格選擇參數
2. 各種碎片數據分析（包括複合光譜分析（CSA），數據依賴性獲取（DDA）和數據無關的獲取（DIA））的峰值檢測和色譜解剖學卷積（DIA）
3. 分析人口規模的不靶向研究（n> 500）
4. 使用Meta-Variables（例如Inchikey，笑容，前體類型，分子公式）在對齊的峰表上匯總的註釋化學結構，取決於參考文獻中的信息。這是僅由IDSL.CSA提供的非常獨特的功能。要熟悉此統計質譜功能，請在IDSL.CSA參數電子表格中的Start選項卡中嘗試Param0006 。
5. 除了生成批處理DDA光譜圖外，還為DIA和CSA分析生成批次非靶向的排列提取的離子色譜圖（EIC）圖。
6. Windows和Linux環境中的並行處理
7. 與IDSL.FSA工作流集成，以註釋各種類型的MSP文件並生成片段庫。

安裝

 install.packages("IDSL.CSA")

工作流程

在處理使用IDSL.CSA工作流程的質譜數據（ MZXML ， MZML ， NETCDF ）之前，應使用IDSL.IPA工作流程處理質譜數據，以獲取峰（ M/Z-RT ）的色譜信息。當使用IDSL.IPA工作流生成單個和匯總對齊的峰列的色譜信息時，請下載IDSL.CSA參數電子表格，然後相應地選擇參數，然後將此電子表格用作IDSL.CSA Workflow的輸入：

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

快速批處理示例

請按照以下步驟進行快速案例研究（n = 33）ST002263，該案例具有Hilic-Esi-POS/NEG模式中收集的Thermo Q Extive HF混合軌道數據。

1. 使用針對IDSL.IPA描述的方法處理原始質譜數據和色譜信息

2. 複合光譜分析需要39個參數分佈在5個單獨的部分中才能進行全尺度分析。對於本研究，使用IDSL.CSA參數電子表格中介紹的默認參數值。接下來，提供信息

   2.1。在Start ”選項卡中為param0001選擇“是”，以僅處理CSA工作流程。

   2.2。 HRMS數據位置地址（MS1級HRMS數據）的CSA0005

   2.3。 CSA0008，用於由IDSL生成的peaklists目錄的地址

   2.4。 CSA0009用於由IDSL生成的peak_alignment目錄的地址

   2.5。 CSA0011用於輸出位置（.MSP文件和EICS）

   2.6。您還可以根據計算能力使用CSA0004增加處理線程的數量

3. 在r/rstudio控制台或終端中運行此命令：

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

4. 您可以在為CSA0011提供的地址解析結果。

   4.1。 CSA_MSP包含.msp文件

   4.2。 CSA_ADDUCT_ANNOTATION包括具有潛在加合物信息的峰列表

   4.3。 peak_alignment_subset包括每個CSA群集中主要離子的對齊峰表的子集

   4.4。 Aligned_spectra_table包括對齊表上CSA聚合的信息

Wiki

1. IDSL.CSA的CSA分析
2. IDSL.CSA的DDA分析
3. IDSL.CSA的DIA分析
4. 獨特的光譜聚集

引用

[1] Fakouri Baygi，S.，Kumar，Y。Barupal，DK IDSL.CSA：無靶向代謝組學數據集化學註釋的複合光譜分析。分析化學， 2023，95 （25） ，9480–9487。

[2] Fakouri Baygi，S.，Kumar，Y。Barupal，DK IDSL。 IPA表徵了未靶向的LC/HRMS數據集中的有機化學空間。蛋白質組研究雜誌， 2022，21 （6） ，1485-1494。