VARUS

VARUS：從RNA-Seq庫中繪製不同的樣品

Varus最初是由威利·布魯恩（Willy Bruhn）撰寫的，是馬里奧·斯坦克（Mario Stanke）監督的學士學位論文。該存儲庫是https://github.com/willybruhn/varus於2018年11月製作的副本，其中包含許多錯誤文件，增量內含子數據庫功能以及用於使用HISAT AL替代對準程序的擴展程序。

VARUS自動選擇和下載有限數量的RNA-seq讀取的NCBI序列讀取檔案（SRA），其針對許多基因的覆蓋範圍足夠高，以進行基因 - 芬德訓練和基因組註釋。在線算法的每次迭代

• 選擇下載的運行，預計將補充先前下載的讀數
• 從fastq-dump下載讀取（“批次”）樣本
• 將讀物與星或hisat保持一致
• 評估對齊方式

安裝

Linux

調用命令行中的以下命令以克隆存儲庫：

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

變量取決於

• samtools，
• BAMTools，在Ubuntu上安裝使用sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• fastq-dump和
• Star或HISAT2（用HISAT 2，版本2.0.0-beta進行測試）

手動編譯雜色

 cd Implementation
make

禁用NCBI緩存

默認情況下，NCBI工具fastq-dump在~/ncbi下創建與下載數據的運行文件相同的臨時文件，即使僅下載了一個小部分。禁用這種緩存行為，對於大多數使用

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

入門

例子

更改為目錄example ，並按照示例/讀書中的說明進行操作。

運行變量

將文件VARUSparameters.txt從示例文件夾複製到您的工作目錄，並在必要時進行調整：

最重要的參數：

- 截面規定在每次迭代中應下載多少次讀取（例如50000或200000）

- 最大鍵盤指定最多應下載多少批次

最終輸出是一個分類的剪接對齊文件（所有批次）稱為varus.bam 。

參考

請引用：VARUS：採樣互補的RNA從序列讀取存檔中讀取。 2019; BMC生物信息學，20：558

pag2019的變量

學士學位論文

找到對應於 /doc /論文的變量的威利·布魯恩（Willy Bruhn）的學士學位。