SIQ

SIQ

序列審問和資格可以在目標測序數據上進行分析。 SIQ創建了一個突變曲線，可以使用SIQPLOTTER進行交互可視化。它是用Java編寫的，以便任何具有計算機的人都可以使用此程序來分析其序列。我們已經為沒有信息的背景的任何人設計並實施了此工具，以便能夠分析NGS數據。

有關詳細的用戶指南，請下載並閱讀：

用戶指南

此外，您還可以觀看我們為您提供的視頻動物，以使運行SIQ變得容易：

視頻教程

如果您觀看了所有視頻，請閱讀整個用戶指南，並且仍然存在運行SIQ或分析數據的問題，請在此處解決問題或給我們發送電子郵件。有關聯繫方式，請參見SIQ紙。

對於那些希望進一步關注讀書我的人，我們在下麵包括了一個簡短的用戶指南：

內容

• 安裝
• 運行SIQ
• 用SIQPLOTTER分析數據
• 故障排除
• 視頻教程

安裝

• 在此處下載最新的Java .jar文件，其中包含此存儲庫中的SIQ

從此存儲庫下載最新的.jar文件。您可以雙擊它，它應該直接工作。您唯一需要的是工作Java版本（1.8及以上）。請確保安裝64位版本的Java。在此處下載並安裝Java

注意：大多數操作系統（例如MacOS和Windows）不信任來自Internet的任何文件。對於MacOS，請按住“控制” +單擊JAR文件以打開它。此通知僅出現第一次。

運行SIQ

啟動SIQ時，您應該看到以下屏幕：

SIQ可用於分析以下數據類型：

• Sanger序列（.AB1文件）（注意：只能分析包含單個突變的Sanger序列）
• Illumina單和配對末端序列數據（.fastq或.fastq.gz文件）
• PACBIO數據（.fastq或.fastq.gz文件）
• ONT數據（.fastq或.fastq.gz文件）注意：請確保檢查選項“啟用長閱讀分析（PACBIO/ONT）'

設置目標測序實驗時，通常會使用兩個引物來擴大您感興趣的軌跡。此外，您（可選）預期了實驗的目標站點。例如，如果您使用CRISPR cas9，cas13，i-SCEI或任何其他酶來靶向DNA，則是這種情況。我們還使用SIQ分析了G-四鏈體序列的不同位點，例如轉子位點，位點。 SIQ將這些位置用於1）嘗試在此位置最好識別序列改變。 2）確保您的PCR引物從預期的位置放大（請參見下面的過濾器）。

SIQ具有以下輸入的可能性：

• R1-測序文件（必需）
• R2-配對端測序文件。如果提供的SIQ將使用Flash（可選）合併R1和R2
• 參考 - 以FastA格式包含您的DNA序列的參考文件。如果提供，也需要包含底漆序列。將參考文件保持較小，因為這確定了SIQ的運行時（必需）
• 別名 - 您的樣本名稱（必需）
• 左側 - 僅接觸您預期的目標位點的DNA延伸。有關圖形示例，請參見下文（需要，請參見側面）
• 右側 - 僅接觸您預期的目標位點的DNA延伸。有關圖形示例，請參見下文。例如，對於Cas9刻度酶，這可以指定第二個SGRNA目標位點（必需）
• #base過去的底漆 - 序列讀取的基礎數量至少必須傳遞底漆以作為真實事件包含。該過濾器在那裡確保您的底漆在DNA的目標位點退火（默認值：5，0禁用此過濾器）

可選設置：

• 最大讀取要分析 - 您希望SIQ分析每個樣本的最大讀取數（0是無限的）
• 最小支持 - 必須將事件視為SIQ輸出的一部分（默認：2）
• 最大基本錯誤 - 要分析讀取中允許的最大每個基本錯誤（默認值：0.05）
• 最大CPU- CPU SIQ的最大數量可以在任何給定時間使用。請注意，SIQ每個文件最多使用1 CPU（默認：ALL）
• TINS搜索距離 - 與事件交界處的距離相對於搜索空間包含的事件交界處，以搜索插入的來源。罐子是模板插入（默認：100）

SIQPLOTTER

當SIQ分析您的樣本時，它將導致Excel文件。此Excel文件可以上傳並直接通過SIQPLOTTER可視化

上傳到SIQPLOTTER

有關如何使用SIQPLOTTER的更多詳細信息，請參見用戶指南或視頻教程。

故障排除

SIQ不啟動

問題可能是您沒有安裝Java的（正確的）Java。確保您下載並安裝最新的Java版本：

下載Java

SIQ仍然沒有開始

從終端中啟動SIQ（Windows中的命令提示符）：

1. 啟動終端
2. 轉到SIQ JAR文件所在的目錄（例如下載）： cd Downloads
3. start siq（在此示例中，文件為siq_1.0.jar： java -jar SIQ_1.0.jar
4. 將輸出作為問題發布。

SIQ不適用於需要合併配對末端讀取的文件

您操作系統所需的程序閃存似乎無法正常工作。啟動SIQ時，將Flash複製到SIQ正在運行的目錄。可能是該程序對您的操作系統不起作用。請檢查以下commmands的輸出，以查看Flash是否在工作

1. 啟動終端
2. 轉到SIQ JAR文件所在的目錄（例如下載）： cd Downloads
3. 像這樣運行閃光燈（Linux/MacOS）

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. 如果輸出不同，請將輸出作為問題發布。請參閱《用戶指南》以獲取更多選項

視頻教程

視頻1。下載和安裝SIQ

視頻2。在數據上運行SIQ

視頻3。運行SIQ，並帶有HDR引用以檢測編輯

視頻4。高級SIQ選項

視頻5。使用SIQPLOTTER分析數據