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mctc lib

其他源碼

version 0.3.2

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模塊化計算工具鏈庫

安裝

要從此存儲庫中的源代碼構建此項目，您需要擁有一個支持Fortran 2008的Fortran編譯器，也需要一個受支持的構建系統之一：

Meson版本0.55或更新，具有構建系統後端，即忍者版本1.7或更新
CMAKE版本3.14或更新，具有構建系統後端，即忍者1.10版或更新
FPM版本0.3.0或更新

目前，該項目支持GCC，Intel和PGI/NVHPC編譯器。

用梅森建造

與

 meson setup _build

您可以通過FC環境變量選擇FORTRAN編譯器。編譯項目運行

 meson compile -C _build

您可以使用

 meson test -C _build --print-errorlogs

要在項目中加入mctc-lib將以下包裝文件添加到您的子標題目錄：

 [wrap-git]
directory = mctc-lib
url = https://github.com/grimme-lab/mctc-lib
revision = head

您可以從包裝後返回中檢索依賴性

mctc_dep = dependency ( ' mctc-lib ' , fallback : [ ' mctc-lib ' , ' mctc_dep ' ])

並將其添加為目標的依賴性。

用Cmake建造

另外，可以使用CMAKE構建此項目（在這種情況下，需要忍者1.10或更新）：

 cmake -B _build -G Ninja

用Cmake Run編譯項目

 cmake --build _build

您可以使用

 pushd _build && ctest && popd

要在您的CMAKE項目中加入mctc-lib請使用FetchContent模塊檢索它：

 if ( NOT TARGET mctc-lib)
  set ( "mctc-lib-url" "https://github.com/grimme-lab/mctc-lib" )
  message (STATUS "Retrieving mctc-lib from ${mctc-lib-url} " )
  include (FetchContent)
  FetchContent_Declare(
    "mctc-lib"
    GIT_REPOSITORY " ${mctc-lib-url} "
    GIT_TAG "HEAD"
  )
  FetchContent_MakeAvailable( "mctc-lib" )
endif ()

並針對"mctc-lib"接口庫鏈接。

 target_link_libraries ( " ${PROJECT_NAME} -lib" PUBLIC "mctc-lib" )

用FPM建造

在項目根中調用FPM

 fpm build

運行測試套件

 fpm test

您可以使用運行子命令訪問mctc-convert程序

 fpm run -- --help

使用mctc-lib進行測試

[ dependencies ]
mctc-lib.git = " https://github.com/grimme-lab/mctc-lib "

例子

mctc-convert程序提供了一個示例應用程序，以在不同支持的輸入格式之間轉換。

要使用IO庫讀取輸入文件，請使用read_structure例程。最終的幾何數據存儲在structure_type中：

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call read_structure(mol, " input.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

環境庫使用可分配的error_type提供了基本的錯誤回傳通機制，該機制將傳遞給庫例程。通常，讀者可以從文件名的後綴中檢測文件類型。另外， filetype Enumerator提供了所有受支持的文件類型的標識符，可以將其作為可選參數傳遞給read_structure例程。

以類似的方式， write_structure例程允許將structure_type寫入文件或單元：

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call write_structure(mol, " output.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

mctc-convert程序提供了一個鎖定的讀者和作家呼籲，以充當幾何文件轉換器。在app/main.f90中查看實現。

錯誤報告

幾何輸入讀取器試圖提供有用的錯誤消息，任何用戶都不應單獨使用無效輸入等錯誤消息。不清楚的錯誤消息被認為是MCTC-LIB中的錯誤，如果您難以理解報告的錯誤，請提出問題，我們將使報告更好。

有用的錯誤消息如何看起來像？這是一些例子。

XYZ文件中聲明的原子數負數

 Error: Impossible number of atoms provided
 --> struc.xyz:1:1-2
  |
1 | -3
  | ^^ expected positive integer value
  |

總收費未指定為整數

 Error: Cannot read eht entry
  --> struc.coord:18:13-15
   |
18 | $eht charge=one unpaired=0
   |             ^^^ expected integer value
   |

固定寬度條目包含一個不正確的值

 Error: Cannot read charges
  --> struc.mol:29:23-25
   |
29 | M  CHG  3   1   1   3   b   2  -1
   |                       ^^^ expected integer value
   |

與數據組相互矛盾的渦輪摩爾輸入

 Error: Conflicting lattice and cell groups
  --> struc.coord:37:1-5
   |
35 | $lattice angs
   | -------- lattice first defined here
   :
37 | $cell angs
   | ^^^^^ conflicting cell group
   |

在顯示錯誤消息時，我們會嘗試保留盡可能多的信息，以使其易於修復輸入中的有問題的部分。