brainways

大腦

什麼是大腦？

Beainways是一種基於AI的工具，用於基于冠狀切片中熒光的自動登記，定量和生成大腦活動網絡。

為什麼要重車？

冠狀切片的註冊，細胞定量和實驗條件之間的全腦對比度分析應輕鬆從單個軟件中訪問，而無需編程經驗。應具有高度靈活的Pythonic後端，應輕鬆定制。

入門

要安裝和運行大腦，請在Python環境中運行以下內容：

pip install brainways
brainways ui

遵循我們的入門指南以獲取更多詳細信息。

它如何工作

Beainways允許用戶通過以下幾個簡單的步驟進行註冊，量化和提供統計對比分析：

1. 將冠狀切片的剛性註冊到3D地圖集。
2. 將冠狀切片的非剛性註冊到3D地圖集，以說明採集程序的個人差異和缺陷。
3. 細胞檢測（使用Stardist）。
4. 每個大腦區域的細胞計數定量。
5. 統計分析：
   • 方差分析分析。
   • PLS（部分最小平方）分析。
   • 網絡圖創建。

建築學

大腦被實施為三個模塊。 brainways.ui包含GUI實現，作為Napari插件。 brainways.ui正在使用brainways作為後端。所有功能均在Beainways軟件包中實現。進行這種分離是為了確保Beainways是一種GUI-AGNOSTIC軟件，並且可以通過Python代碼完全訪問和操縱，以允許自定義復雜的使用場景。用於訓練，評估和運行自動註冊模型的代碼位於brainways-reg-model中。

發展狀況

大腦是由以色列特拉維夫大學Bartal Lab的Ben Kantor積極開發的。我們的版本可以在這裡找到。

引用

如果您使用大腦，請引用Kantor和Bartal（2023）：

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

執照

按照GNU GPL v3.0許可條款分發，“ Beainways”是免費的開源軟件

問題

如果遇到任何問題，請提交問題以及詳細說明。