現在市場上的電子商務軟體基本上可歸結為兩大陣營，即PHP陣營和JAVA陣營。但對於接觸電子商務不久的用戶來說，看到的往往只是它們的表相，只是明顯的價格差異，卻很難看出它們之間的實際差異。其實， PHP + MYSQL 不值錢不只限於電子商務軟體，而是整體上PHP + MYSQL開發的軟體都不如JAVA開發的軟體值錢。為什麼PHP + MYSQL 的電子商務為什麼不值錢呢？首先得明白PHP和JAVA的差異才行。
1.系統的技術架構比較分層是將系統進行有效組織的方式，分而治之的想法是電腦領域中非常重要的想法。在好的分層思想引導下，便能實現“高內聚、低耦合”，也能將具體的問題割裂開來，易於控制、易於延展，更易於分配資源。 PHP只能實現簡單的分散式兩層或三層的架構，而JAVA在這方面就十分強大，可以實現多層的網路架構。運用MVC的設計模式，可使電子商務軟體具有更有效率、合理的系統架構。技術架構的落後，使運用PHP編寫的電子商務軟體先天不足，而後天又無法補足其先天上的劣勢。使得系統在可拓展性、需求應變上與JAVA編寫的電子商務軟體系統的差距越來越大。架構的差距，注定了PHP做的電子商務充其量是個小家碧玉，始終無法和JAVA這種大家閨秀同台競技。
2、資料庫存取比較
PHP可編譯成具有與許多資料庫連結的函數。將自己編寫外圍的函數去間接存取資料庫。透過這樣的途徑當更換使用的資料庫時，可以輕鬆地修改編碼以適應這樣的變化。但PHP提供的資料庫介面支援彼此不統一，例如對Oracle,MySQL,SQL2000的接口，彼此都不一樣。由於PHP對於不同的資料庫採用不同的資料庫存取接口，所以資料庫存取代碼的通用性不強。
3.安全性對比在JAVA的面前，PHP失去了很多的優勢。在程式碼的安全性上尤為突出。 PHP的開發程式在別人拿到程式碼後，可以輕鬆的進行修改。而JAVA開發的程式由於無法看到完整的原始碼，只能看到一些編譯好的類別檔案.class，所以安全性較高。加之系統架構的優勢，在安全性上PHP和JAVA是相去甚遠。如果非要將PHP和JAVA在安全性上做個比較的話，同一個小偷光顧PHP那是隨便拿來隨便改，想拿什麼拿什麼，拿的高興還能大筆一輝某某到此一遊。而光顧JAVA的時候，便會發現警察把守，內設自動警報裝置，即便突破重重阻擾後進入居室。那值錢的東西都放在加密後的保險箱中，只能望洋興嘆、鎧羽而歸。
4.前瞻性和拓展性從整體來說，PHP適用於中小型系統，而JAVA適用於大型系統。 PHP能夠將單一的事件做好，但卻不適合完成整合度較高的多項並發事件。為什麼說PHP適合中小型系統而不適合做大系統呢？
首先，PHP缺乏多層結構支持。而對於大型的系統負載站點，只能採用分佈計算。將資料庫、應用邏輯層和表示邏輯層彼此分開，並將同層的根據流量分開，組成二維數組。而PHP恰恰缺乏這種支持。
其次，PHP提供的資料庫介面不統一，要將多個不同的資料庫資料統一需要花費很大的力氣。而JAVA則沒有這種缺陷，可透過SUN JAVA的JAVA Class和EJB獲得規模支持，透過EJB/CORBA以及眾多廠商的Application Server獲得結構支持。如ProBIZ的Merchant one電子商務軟體產品系列。
如果將PHP比喻為將才，具備獨擋一方的能力。那麼JAVA便是帥才，具有較好的前瞻性和拓展性，整體佈局和協同能力強。能指揮千軍萬馬，最後逐鹿中原。
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