在編譯PHP 時，如無特殊需要，一定禁止編譯產生CLI 命令列模式的PHP 解析支援。可在編譯時使用–disable-CLI。一旦編譯產生CLI 模式的PHP，則可能會被入侵者利用程式建立一個WEB Shell 後門進程或透過PHP 執行任意程式碼。
phpinfo()
功能描述：輸出PHP 環境資訊以及相關的模組、WEB 環境等資訊。
危險等級：中
passthru()
功能描述：允許執行一個外部程式並回顯輸出，類似exec()。
危險等級：高
exec()
功能描述：允許執行一個外部程式（如UNIX Shell 或CMD 指令等）。
危險等級：高
system()
功能描述：允許執行一個外部程式並回顯輸出，類似passthru()。
危險等級：高
chroot()
功能描述：可改變目前PHP 程序的工作根目錄，僅當系統支援CLI 模式PHP 時才能運作，且此函數不適用於Windows 系統。
危險等級：高
scandir()
功能描述：列出指定路徑中的檔案和目錄。
危險等級：中
chgrp()
功能描述：改變檔案或目錄所屬的使用者群組。
危險等級：高
chown()
功能描述：改變檔案或目錄的擁有者。
危險等級：高
shell_exec()
功能描述：透過Shell 執行指令，並將執行結果傳回為字串。
危險等級：高
proc_open()
功能描述：執行一個命令並開啟檔案指標用於讀取以及寫入。
危險等級：高
proc_get_status()
功能描述：取得使用proc_open() 所開啟進程的資訊。
危險等級：高
error_log()
功能描述：將錯誤訊息傳送到指定位置（檔案）。
安全備註：在某些版本的PHP 中，可使用error_log() 繞過PHP safe mode，
執行任意命令。
危險等級：低
ini_alter()
功能描述：是ini_set() 函數的一個別名函數，功能與ini_set() 相同。詳見ini_set()。
危險等級：高
ini_set()
功能描述：可用於修改、設定PHP 環境配置參數。
危險等級：高
ini_restore()
功能描述：可用於恢復PHP 環境配置參數到其初始值。
危險等級：高
dl()
功能描述：在PHP 進行運作過程當中（而非啟動時）載入一個PHP 外部模組。
危險等級：高
pfsockopen()
功能描述：建立一個Internet 或UNIX 域的socket 持久連線。
危險等級：高
syslog()
功能描述：可呼叫UNIX 系統的系統層syslog() 函數。
危險等級：中
readlink()
功能描述：傳回符號連結指向的目標檔案內容。
危險等級：中
symlink()
功能描述：在UNIX 系統中建立一個符號連結。
危險等級：高
popen()
功能描述：可透過popen() 的參數傳遞一條指令，並對popen() 所開啟的檔案進行執行。
危險等級：高
stream_socket_server()
功能描述：建立一個Internet 或UNIX 伺服器連線。
危險等級：中
putenv()
功能描述：用於在PHP 運行時改變系統字元集環境。在低於5.2.6 版本的PHP 中，可利用此函數修改系統字元集環境後，利用sendmail 指令傳送特殊參數執行系統SHELL 指令。
危險等級：高