رامب ديسيبل
v2.3.3
تم إصدار RaMP 3.0 الآن ويتضمن قاعدة بيانات خلفية محدثة مع تعليقات توضيحية موسعة لأكثر من 200000 مستقلب وحوالي 16000 جين/بروتين. تتضمن التعليقات التوضيحية المسارات البيولوجية، والفئات والهياكل الكيميائية (للأيضات فقط)، والوجود (للأيضات فقط)، والعلاقات بين الإنزيمات والأيضات القائمة على التفاعلات الكيميائية. يتم استخلاص التعليقات التوضيحية من قاعدة بيانات HMDB وKEGG (من خلال HMDB) وLipid-MAPS وWikiPathways وReactome وCheBI وRhea Reaction.
تتضمن حزمة R هذه وظائف تتيح للمستخدمين التفاعل مع هذا المورد المحدث والشامل. وتشمل الوظائف 1) الاستعلامات البسيطة والدفعية للمسارات، والأنطولوجيات، والشروح الكيميائية، والعلاقات بين الجينات المستقلبة على مستوى التفاعل؛ 2) تحليلات المسار والإثراء الكيميائي.
الكود المستخدم لبناء قاعدة بيانات RaMP الخلفية متاح مجانًا على https://github.com/ncats/RaMP-Backend.
من فضلك انقر هنا لعرض أحدث مخطوطتنا.
يمكن العثور على واجهة الويب الجديدة المُعاد تصميمها على https://rampdb.nih.gov/. الكود متاح للعامة على https://github.com/ncats/RaMP-Client/.
الوصول إلى واجهة برمجة التطبيقات (API) متاح الآن هنا.
الغرض من RaMP هو توفير قاعدة بيانات متاحة للجمهور تدمج المستقلبات والجينات/البروتينات البيولوجية والكيميائية وغيرها من مصادر متعددة. تتوفر بنية قاعدة البيانات والبيانات كملف قاعدة بيانات SQLite ويتم تنزيلها مباشرة عند استخدام حزمة RaMP. يرجى الاطلاع على تعليمات التثبيت لمزيد من المعلومات. يرجى ملاحظة أن هذا المشروع قيد التطوير المستمر ونحن نقدر أي تعليقات.
إذا كانت لديك أي أسئلة أو تعليقات، يرجى إرسال ملاحظة إلينا على [email protected].
إذا وجدت خطأً ما، فيرجى إرسال المشكلة من خلال مستودع GitHub هذا.
تقوم حزم R والتطبيق المرتبط بها بتنفيذ الاستعلامات التالية:
1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses
فيما يلي التعليمات التفصيلية لتثبيت RaMP محليًا. لقد قمنا أيضًا بتجميع المقالة القصيرة لتبدأ في إجراء التحليلات. انقر هنا للحصول على المقالة القصيرة.
إذا كنت تستخدم RaMP-DB، فيرجى ذكر العمل التالي:
برايستيد ي، بات أ، تيندال ج، شيلز تي، نيرا ي، سبنسر ك، تي إيشر، ماثي إي. RaMP-DB 2.0: قاعدة معرفية تم تجديدها لاستخلاص الرؤية البيولوجية والكيميائية من المستقلبات والبروتينات والجينات. المعلوماتية الحيوية. 2023 يناير 1;39(1):btac726. دوى: 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btac726. بميد: 36373969؛ الرقم التعريفي للمعرف: PMC9825745. للوصول، انقر هنا
تشانغ، ب.، وآخرون، RaMP: قاعدة بيانات علائقية شاملة لمسارات التمثيل الغذائي لتحليل إثراء المسار للجينات والأيضات. المستقلبات، 2018. 8(1). بميد: 29470400؛ بمسيد: PMC5876005؛ DOI: 10.3390/metabo8010016 للوصول، انقر هنا
من أجل استخدام حزمة R هذه محليًا، ستحتاج إلى تثبيت رمز R ضمن هذا المستودع.
ملاحظة خاصة: يوجد عدم توافق (تم الإبلاغ عنه هنا: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html) بين إصدار BiocFileCache المثبت باستخدام BiocManager (2.8.0) والإصدار الفعلي أحدث إصدار (2.10.1). يجب أن يكون الأخير متوافقًا مع التبعيات الأخرى في RaMP-DB. لتثبيت الإصدار الأحدث، ستحتاج إلى تنزيل الملف المصدر من Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html)، ثم التثبيت باستخدام وظيفة install.packages(). بالنسبة لنظام التشغيل Mac، يبدو هذا كما يلي:
install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")
يمكنك تثبيت هذه الحزمة مباشرة من GitHub باستخدام وظيفة install_github() المتوفرة من خلال حزمة devtools. في وحدة التحكم R، اكتب ما يلي:
# Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )
# Load the package
library( RaMP )
# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()
# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()
# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )
عند إدخال معرفات الجينات أو المستقلبات للاستعلامات، يجب إضافة المعرفات مسبقًا إلى قاعدة البيانات الأصلية الخاصة بها، على سبيل المثال، kegg:C02712، أو hmdb:HMDB04824، أو CAS:2566-39-4. قد تكون قائمة معرفات المستقلب أو الجينات/البروتينات ذات مصادر مختلطة. تذكر تضمين النقطتين في البادئة. بادئات المعرف المضمنة حاليًا في RaMP هي:
| نوع التحليل | أنواع بادئة المعرف |
|---|---|
| المستقلبات | hmdb، pubchem، chebi، chemspider، kegg، CAS، LIPIDMAPS، swisslipids، lipidbank، wikidata، plantfa، kegg_glycan |
| الجينات / البروتينات | فرقة، إنتريز، رمز الجينات، يونيبروت، همدب، نكبيبروتين، إن، ويكي بيانات، تشيبي |
يمكن استخدام وظائف RaMP التالية لسرد جميع أنواع بادئات المعرف الممثلة.
rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')
