الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

مشروع RCAS

مقدمة

RCAS عبارة عن حزمة R/Bioconductor مصممة كأداة إعداد تقارير عامة للتحليل الوظيفي للمناطق ذات الاهتمام على نطاق النسخ والتي تم اكتشافها من خلال التجارب عالية الإنتاجية. يمكن أن تكون هذه المناطق النصية، على سبيل المثال، قمم الإشارة المكتشفة بواسطة تحليل CLIP-Seq لمواقع تفاعل البروتين-RNA، أو مواقع تعديل RNA (الاسم المستعار epitranscriptome)، أو مواقع علامة CAGE، أو أي مجموعة أخرى من مناطق الاستعلام على مستوى نسخة. تنتج RCAS ملخصات توضيحية متعمقة وملفات تعريف التغطية بناءً على توزيع مناطق الاستعلام فيما يتعلق بميزات النص (الإكسونات، والإنترونات، ومناطق UTR 5'/3'، وحدود exon-intron، ومناطق المروج). علاوة على ذلك، يمكن لـ RCAS إجراء تحليلات الإثراء الوظيفي واكتشاف العناصر التمييزية. يدعم RCAS جميع إصدارات الجينوم المتوفرة في BSgenome::available.genomes

تثبيت:

التثبيت من الموصل الحيوي

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

تثبيت نسخة التطوير من Github 

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

التثبيت عبر قناة Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

التثبيت عبر Guix

guix package -ir r-rcas

الاستخدام:

المقالات القصيرة الحزمة والدليل المرجعي

للحصول على تعليمات مفصلة حول كيفية استخدام RCAS، يرجى الاطلاع على:

  • المقالة القصيرة الحزمة لتحليل عينة واحدة
  • المقالة القصيرة للحزمة لتحليل العينات المتعددة
  • دليل مرجعي لمزيد من المعلومات حول الوظائف التفصيلية المتوفرة في RCAS.

حالات الاستخدام من مجموعات بيانات omics المستندة إلى RNA المنشورة

حالة استخدام تحليل العينات المتعددة

  • راجع مثالًا لتقرير يقارن مناطق الذروة المكتشفة من خلال تجارب تسلسل CLIP لبروتين ربط الحمض النووي الريبي FUS بواسطة Nakaya et al، 2013، Synaptic Functional Regulator FMR1 بواسطة Ascano et al. 2012، وعامل بدء حقيقيات النوى 4A-III بقلم سوليير وآخرون، 2012.

حالات استخدام تحليل العينة الواحدة

  • تقرير RCAS لمواقع ربط PUM2 RNA المكتشفة بواسطة تقنية PAR-CLIP (Hafner et al، 2010)

    • الإدخال: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

  • تقرير RCAS لمواقع ربط QKI RNA المكتشفة بواسطة تقنية PAR-CLIP (Hafner et al، 2010)

    • الإدخال: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

  • تقرير RCAS لمواقع ربط IGF2BP123 RNA المكتشفة بواسطة تقنية PAR-CLIP (Hafner et al، 2010)

    • الإدخال: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

  • تقرير RCAS عن مواضع RNA الصغيرة (tiRNA) التي تم اكتشافها بواسطة تحليل DeepCAGE (Taft et al. 2009)

    • الإدخال: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

  • تقرير RCAS لمواقع المثيلة m 1 A (Dominissini et al، 2016)

    • الإدخال: GSE70485_human_peaks.txt.gz

الاقتباس

للاستشهاد بـ RCAS، يرجى استخدام:

بورا أويار، ديلمورات يوسف، ريكاردو ورموس، نيكولاوس راجوسكي، أوي أوهلر، ألتونا أكالين؛ RCAS: نظام تعليق توضيحي متمركز حول الحمض النووي الريبي (RNA) للمناطق ذات الاهتمام على نطاق النسخ. الدقة الأحماض النووية 2017 gkx120. دوى: 10.1093/نار/gkx120

انظر منشورنا هنا.

شكر وتقدير

تم تطوير RCAS في مجموعة ألتونا أكالين (رئيس منصة المعلوماتية الحيوية العلمية) بواسطة بورا أويار (عالم المعلوماتية الحيوية)، وديلمورات يوسف (عالم المعلوماتية الحيوية) وريكاردو ورموس (مدير النظام) في معهد برلين لبيولوجيا الأنظمة الطبية (BIMSB) في مركز ماكس ديلبروك للطب الجزيئي (MDC) في برلين.

تم تطوير RCAS كخدمة معلوماتية حيوية كجزء من مركز RNA للمعلوماتية الحيوية، وهو أحد المراكز الثمانية للشبكة الألمانية للبنية التحتية للمعلومات الحيوية (de.NBI).

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل