URD

URD

URD عبارة عن حزمة R مصممة لإعادة بناء المسارات النسخية الكامنة وراء عمليات المواصفات أو التمايز في شكل شجرة متفرعة، باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) أحادية الخلية. تم تسميتها على اسم الشخصية الأسطورية الإسكندنافية التي تغذي شجرة العالم وتقرر كل المصائر.

تم وصف URD في:
إعادة بناء خلية واحدة لمسارات النمو أثناء تكوين أجنة الزرد.
Farrell JA & Wang Y (مساهمة متساوية)، Riesenfeld SJ، Shekhar K، Regev A & Schier AF (مساهمة متساوية).
العلوم 26 أبريل 2018. دوى: 10.1126/science.aar3131

تثبيت

• للتثبيت، اتبع الإرشادات الموجودة في INSTALL.md

رمز المثال

• للبدء، راجع البرنامج التعليمي للبدء السريع: (عرض) (تنزيل)

• التحليل التكميلي الكامل من Farrell & Wang، et al. الذي يصف إعادة بناء مسارات النمو خلال مرحلة التطور الجنيني لسمك الزرد (3.3-12 ساعة بعد الإخصاب) متاح أيضًا.

• التحليل التكميلي الكامل من سيبرت، فاريل، وآخرون. الذي يصف إعادة بناء مسارات النمو في هيدرا البالغة متاح أيضًا.

• برنامج تعليمي لرسم البيانات المعالجة من سيبرت، فاريل، وآخرون. (انظر أدناه للتنزيل) متاح هنا

البيانات المعالجة للاستكشاف

• كائن URD المجهز من التطور الجنيني الزرد (3.3 - 12 ساعة بعد الإخصاب) من فاريل وانغ، وآخرون. يمكن تنزيله من البوابة الواسعة للخلية الواحدة (يتطلب تسجيل الدخول).

• كائنات URD المعالجة من هيدرا البالغة من Siebert و Farrell وآخرون. يمكن تنزيله من البوابة واسعة النطاق للخلية الواحدة (يتطلب تسجيل الدخول) أو من Data Dryad.

تاريخ الإصدار

يتم سرد التغييرات التفصيلية والإصدارات الثانوية في NEWS.md

أحدث إصلاح للأخطاء: 1.1.1 (28 أبريل 2020)

2019/07/25:

صدر الإصدار 1.1! يتضمن ذلك وظائف جديدة لاستخدام تحليل وحدة NMF للكشف عن الثنائيات وإزالتها، ووظائف جديدة للنظر في التعبير الجيني بالنسبة للزمن الزائف، ووظائف تخطيط جديدة لفحص البيانات. وهو يرافق منشور مسارات تمايز الخلايا الجذعية في هيدرا التي تم حلها بدقة خلية واحدة.

2018/04/30:

تم إصدار الإصدار 1.0! إنه يرافق مخطوطتنا لإعادة بناء الخلية الواحدة لمسارات النمو أثناء التطور الجنيني لسمك الزرد!