تنزيل igv.js - تنزيل كود المصدر igv.js

igv.js

شفرة المصدر الأخرى

3.0.8

تنزيل

igv.js

igv.js عبارة عن مكون تفاعلي لتصور الجينوم قابل للتضمين تم تطويره بواسطة فريق Integative Genomics Viewer (IGV).

نقلا عن igv.js

جيمس تي روبنسون، هيلجا ثورفالدسدوتير، دوجلاس تورنر، جيل بي ميسيروف، igv.js: تطبيق JavaScript قابل للتضمين لعارض الجينوم التكاملي (IGV)، المعلوماتية الحيوية، المجلد 39، العدد 1، يناير 2023، btac830، https://doi. org/10.1093/bioinformatics/btac830

فيما يلي أمثلة ودليل البدء السريع. راجع وثائق المطور لمزيد من الوثائق.

أمثلة

التحالفات

التفاعلات

نسخ الرقم

مناطق متعددة

تنسيق التعليق التوضيحي للطفرة (MAF)

خيارات الألوان المتنوعة

أكثر

بداية سريعة

تثبيت

يتكون igv.js من ملف جافا سكريبت واحد بدون أي تبعيات خارجية.

تتضمن الملفات المعدة مسبقًا للبرنامج النصي أنظمة وحدات AMD أو CJS (igv.min.js) ووحدة ES6 (igv.esm.min.js) التي يمكن تنزيلها من https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.

لاستيراد igv كوحدة ES6

 استيراد igv من "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"

أو كبرنامج نصي يتضمن (يحدد "igv" العمومي)

وبدلاً من ذلك يمكنك التثبيت باستخدام npm

npm install igv

ومصدر الملف المناسب لنظام الوحدة النمطية الخاص بك (igv.min.js أو igv.esm.min.js) في العقدة_modules/igv/dist.

الاستخدام

لإنشاء متصفح igv.js، قم بتوفير حاوية div وتكوين أولي يحدد الجينوم المرجعي والمسارات الأولية والحالة الأخرى للوظيفة igv.createBrowser(div, config) .

تُرجع هذه الوظيفة وعدًا لكائن igv.Browser والذي يمكن استخدامه للتحكم في المتصفح. على سبيل المثال، لفتح متصفح على مسار محاذاة واحد مفتوح في موضع محدد:

      var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
      var options =
        {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    "name": "HG00103",
                    "url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    "indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    "format": "cram"
                }
            ]
        };

        igv.createBrowser(igvDiv, options)
                .then(function (browser) {
                    console.log("Created IGV browser");
                })

التوثيق

التوثيق الكامل لواجهة برمجة تطبيقات igv.js متاح على https://igv.org/doc/igvjs/.

تطوير

متطلبات

يتطلب إنشاء igv.js وتشغيل الأمثلة Linux أو MacOS. من المحتمل أن تعمل بيئات Unix الأخرى ولكن لم يتم اختبارها.

يمكن لمستخدمي Windows استخدام نظام Windows الفرعي لنظام التشغيل Linux.

مبنى

يتطلب إنشاء igv.js وتشغيل الأمثلة Node.js.

git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git
cd igv.js
npm install
npm run build

يؤدي هذا إلى إنشاء مجلد dist بالملفات التالية

igv.js - يتضمن ملف UMDS للبرنامج النصي وحدات AMD أو CJS. سيحدد البرنامج النصي المتضمن "IGV" عالميًا.
igv.min.js - نسخة مصغرة من igv.js
igv.esm.js - وحدة ES6
igv.esm.min.js - نسخة مصغرة من igv.esm.js