ariba
2.14.7
تحديد المقاومة المضادة للميكروبات عن طريق التجميع
لكيفية استخدام Ariba ، يرجى الاطلاع على صفحة Ariba Wiki.
يرجى ملاحظة: ليس لدينا حاليًا الموارد اللازمة لتوفير الدعم لـ Ariba - راجع قسم التعليقات/المشكلات.
مقدمة
بداية سريعة
تثبيت
التبعيات المطلوبة
باستخدام PIP3
من المصدر
عامل ميناء
التفرد
ديبيان (اختبار)
أوبونتو
التبعيات ومتغيرات البيئة
ملفات مؤقتة
الاستخدام
رخصة
ردود الفعل/القضايا
اقتباس
Ariba هي أداة تحدد جينات مقاومة المضادات الحيوية عن طريق تشغيل التجميعات المحلية. يمكن أيضًا استخدامه للاتصال MLST.
الإدخال هو ملف fasta للتسلسلات المرجعية (يمكن أن يكون مزيجًا من الجينات والتسلسلات غير المشفرة) وقراءات التسلسل المقترنة. تقارير Ariba أي من التسلسلات المرجعية تم العثور عليها ، بالإضافة إلى معلومات مفصلة عن جودة التجميعات وأي متغيرات بين قراءات التسلسل والتسلسلات المرجعية.
احصل على بيانات مرجعية ، على سبيل المثال من البطاقة. انظر GetRef للحصول على قائمة كاملة.
ariba getref ncbi out.ncbi
قم بإعداد البيانات المرجعية لـ Ariba:
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
قم بتشغيل التجميعات المحلية ومتغيرات الاتصال:
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
لخص البيانات من عدة عمليات تشغيل:
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
يرجى قراءة صفحة Ariba Wiki للحصول على تعليمات الاستخدام الكاملة.
البرنامج التعليمي لمكتب دفتر جوبتر
إذا واجهت مشكلة عند تثبيت Ariba ، فيرجى الاتصال بمسؤول النظام المحلي. إذا واجهت خطأ يمكنك تسجيله هنا.
إصدار Python3> = 3.6.0
إصدار Bowtie2> = 2.1.0
إصدار CD-HIT> = 4.6
إصدار Mummer> = 3.23
يعتمد Ariba أيضًا على العديد من حزم Python ، وكلها متوفرة عبر PIP. سيحصل تثبيت Ariba باستخدام PIP3 على هذه التلقائيات إذا لم يتم تثبيتها بالفعل:
dendropy> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
pyfastaq> = 3.12.0
بيسام> = 0.9.1
pymummer> = 0.10.1
Biopython
تثبيت Ariba باستخدام PIP:
pip3 install ariba
قم بتنزيل أحدث إصدار من مستودع GitHub أو استنساخه. قم بإجراء الاختبارات:
python3 setup.py test
ملاحظة لـ OS X: تتطلب الاختبارات gawk التي ستحتاج إلى تثبيت بشكل منفصل ، على سبيل المثال عبر homebrew.
إذا تمر الاختبارات ، فقم بتثبيت:
python3 setup.py install
بدلاً من ذلك ، قم بالتثبيت مباشرة من Github باستخدام:
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
يمكن تشغيل Ariba في حاوية Docker. أول تثبيت Docker ، ثم قم بتثبيت أحدث إصدار من Ariba:
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
يتم سرد جميع صور Docker في صفحة الحزم.
لاستخدام Ariba ، استخدم أمرًا كهذا (استبدال في الدلائل الخاصة بك) ، حيث يُفترض أن يتم تخزين ملفاتك في/الصفحة الرئيسية/Ubuntu/بيانات:
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
عند الاتصال بـ Ariba عبر Docker (على النحو الوارد أعلاه) ، ستحتاج أيضًا إلى إضافة /بيانات / أمام جميع أسماء الملفات أو الدليل (على سبيل المثال /بيانات /my_output_folder).
يمكن تشغيل Ariba في حاوية تفرد. أول تثبيت التفرد. تشمل الإصدارات صورة تفرد للتنزيل.
بدلاً من ذلك ، قم ببناء صورة التفرد الخاصة بك:
singularity build ariba.simg Singularity.def
Ariba متاح في أحدث إصدار من Debian ، وسيقوم بمرور الوقت بتصفية تدريجياً إلى Ubuntu والتوزيعات الأخرى التي تستخدم Debian. لتثبيته كجذر:
sudo apt-get install ariba
يمكنك استخدام apt-get (انظر أعلاه) ، أو لضمان حصولك على أحدث إصدار من Ariba ، يمكن استخدام الأوامر التالية لتثبيت Ariba وتبعياتها. تم اختبار هذا على مثيل جديد من Ubuntu 16.04.
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
افتراضيًا ، ستبحث Ariba عن التبعيات في $PATH الخاص بك ، باستخدام الأسماء الموجودة في الجدول أدناه. يمكن تجاوز هذا السلوك وتوجيه Ariba إلى برنامج معين باستخدام متغيرات البيئة. يتم فحص متغير البيئة أولاً ويتم استخدامه إذا تم تعيينه. وإلا فإن أريبا تبحث في $PATH الخاص بك للاسم الافتراضي. هذا ينطبق على التبعيات التالية.
| التبعية | الافتراضي القابل للتنفيذ | اسم متغير البيئة |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-HIT (EST) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
على سبيل المثال ، يمكنك تحديد إصدار دقيق من Bowtie2 المنفذة التي قمت بتجميعها وتنزيلها في الدليل المنزلي الخاص بك (على افتراض باش):
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
لاحظ أن Ariba يدير أيضًا bowtie2-build ، والذي يستخدم من أجله القابل للتنفيذ من خلال bowtie2 مع -build . لذلك في هذه الحالة ، ستحاول استخدامها
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
يمكن أن تصنع Ariba مؤقتًا عددًا كبيرًا من الملفات أثناء التشغيل ، والتي يتم وضعها في دليل مؤقت تصنعه Ariba. الحجم الكلي لهذه الملفات صغير ، ولكن يمكن أن يكون هناك الكثير منها. يمكن أن تكون هذه مشكلة عند تشغيل أعداد كبيرة (100 أو 1000) من الوظائف في وقت واحد على نفس نظام الملفات. يتم تحديد الدليل الأصل للدليل المؤقت بالترتيب التالي من الأسبقية:
قيمة الخيار --tmp_dir (إذا تم استخدام هذا الخيار)
متغير البيئة $ARIBA_TMPDIR (إذا تم تعيينه)
متغير البيئة $TMPDIR (إذا تم تعيينه)
إذا لم يتم العثور على أي مما سبق ، فاستخدم دليل إخراج التشغيل.
كل دليل مؤقت فريد من نوعه على مجموعة واحدة من Ariba ، ويتم حذفه تلقائيًا في نهاية المدى (حتى لو تم قتل Ariba من قبل المستخدم أو تحطمها). على سبيل المثال،
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
سوف يؤدي إلى إنشاء دليل جديد داخل /tmp ، والذي سيكون له اسم النموذج
/tmp/ariba.tmp.abcdef
عندما تكون اللاحقة abcdef عبارة عن سلسلة عشوائية من الأحرف ، تم اختيارها بحيث لا توجد بالفعل /tmp/ariba.tmp.abcdef .
الاستثناء ما سبق هو إذا تم استخدام الخيار --noclean . هذا يفرض وضع الدليل المؤقت في دليل الإخراج ، ويتم الاحتفاظ بالملفات المؤقتة. هو مخصص لتصحيح الأخطاء.
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
يرجى قراءة صفحة Ariba Wiki للحصول على تعليمات الاستخدام الكاملة.
Ariba هو برنامج مجاني ، مرخصة بموجب GPLV3.
ليس لدينا حاليًا الموارد اللازمة لتوفير الدعم لأريبا. ومع ذلك ، قد يكون المجتمع قادرًا على مساعدتك إذا أبلغت عن أي مشكلات حول استخدام البرنامج في صفحة المشكلات.
إذا كنت تستخدم هذا البرنامج ، فيرجى الاستشهاد:
أريبا: التنميط الوراثي السريع المضاد للميكروبات مباشرة من التسلسل يقرأ Hunt M و Mather AE و Sánchez-Busó L و Page AJ و Parkhill J و Keane JA و Harris Sr. علم الجينوم الميكروبي 2017. DOI: 110.1099/mgen.0.000131
