SIQ

سق

استجواب التسلسل والتأهيل موجود لإجراء التحليل على بيانات التسلسل المستهدفة. SIQ ينشئ ملف تعريف طفرة يمكن تصورها بشكل تفاعلي باستخدام SiQPlotter. إنه مكتوب في Java بحيث يمكن لأي شخص لديه كمبيوتر استخدام هذا البرنامج لتحليل تسلسله. لقد قمنا بتصميم وتنفيذ هذه الأداة لأي شخص بدون خلفية في المعلوماتية لتكون قادرة على تحليل بيانات NGS.

للحصول على دليل مستخدم مفصل ، يرجى تنزيل وقراءة:

دليل المستخدم

بالإضافة إلى ذلك ، يمكنك مشاهدة مقطع الفيديو الأروبيين الذين صنعناه من أجله لتسهيل تشغيل SIQ:

دروس الفيديو

إذا كنت قد شاهدت جميع مقاطع الفيديو ، فاقرأ دليل المستخدم بأكمله ولا يزال لديك مشكلات مع تشغيل SIQ أو تحليل بياناتك ، فيرجى توضيح مشكلة هنا أو إسقاط بريد إلكتروني. انظر ورقة SIQ للحصول على تفاصيل الاتصال.

بالنسبة لأولئك الذين يفضلون متابعة ReadMe بشكل أكبر ، قمنا بتضمين دليل مستخدم موجز أدناه:

محتويات

• تثبيت
• تشغيل SIQ
• تحليل البيانات مع siqplotter
• استكشاف الأخطاء وإصلاحها
• دروس الفيديو

تثبيت

• قم بتنزيل أحدث ملف Java .jar الذي يحتوي على SIQ من هذا المستودع هنا

قم بتنزيل أحدث ملف .jar من هذا المستودع. يمكنك النقر نقرًا مزدوجًا ويجب أن تعمل مباشرة. الشيء الوحيد الذي تحتاجه هو إصدار Java العاملة (1.8 وما فوق). يرجى التأكد من تثبيت نسخة 64 بت من Java. قم بتنزيل وتثبيت Java هنا

ملاحظة: معظم أنظمة التشغيل مثل MacOS و Windows لا تثق في أي ملف قادم من الإنترنت. بالنسبة إلى MacOS ، يرجى الاحتفاظ بـ "التحكم" + انقر فوق ملف JAR لفتحه. هذا الإشعار يظهر فقط في المرة الأولى.

تشغيل SIQ

عند بدء تشغيل SIQ ، يجب أن ترى الشاشة التالية:

يمكن استخدام SIQ لتحليل النوع التالي من البيانات:

• تسلسل Sanger (ملفات .ab1) ( ملاحظة: يمكن تحليل تسلسلات Sanger فقط التي تحتوي على طفرة واحدة )
• بيانات تسلسل Illumina المفردة والمقترنة (.fastq أو .fastq.gz)
• بيانات Pacbio (.fastq أو .fastq.gz)
• ملفات ONT (.fastq أو .fastq.gz) ملاحظة: تأكد من التحقق من خيار "تمكين تحليل القراءة الطويلة (PACBIO/ONT)"

عند إعداد تجارب التسلسل المستهدفة ، تستخدم عمومًا اثنين من الاشعال لتضخيم موضع الاهتمام الخاص بك. بالإضافة إلى ذلك ، توقعت (اختياريًا) مواقع مستهدفة لتجاربك. هذا على سبيل المثال هو الحال إذا كنت تستخدم CRISPR CAS9 أو CAS13 أو I-SCEI أو أي إنزيم آخر لاستهداف الحمض النووي. لقد استخدمنا أيضًا SIQ لتحليل المواقع المختلفة ، مثل مواقع Transposon ، ومواقع تسلسل G-Quadruplex. يستخدم SIQ هذه المواقع إلى 1) حاول تحديد تغييرات التسلسل ويفضل أن يكون ذلك في هذا الموقع. 2) لضمان تضخيم الاشعال PCR الخاص بك من الموقع المتوقع (انظر المرشحات أدناه).

لدى SIQ إمكانيات المدخلات التالية:

• R1 - ملف التسلسل (مطلوب)
• R2 - ملف تسلسل النهاية المقترن. إذا تم توفير SIQ سيتم دمج R1 و R2 باستخدام Flash (اختياري)
• مرجع - ملف مرجعي يحتوي على تسلسل الحمض النووي الخاص بك بتنسيق fasta. يحتاج إلى احتواء تسلسل التمهيدي كذلك إذا تم توفيره. حافظ على الملف المرجعي صغيرًا لأن هذا يحدد وقت تشغيل SIQ (مطلوب)
• الاسم المستعار - اسم العينة الخاص بك (مطلوب)
• الجهة اليسرى - امتداد الحمض النووي الذي يلمس موقعك المستهدف المتوقع. انظر أدناه للحصول على مثال رسومي (مطلوب ، انظر الأجنحة)
• الجناح الأيمن - امتداد الحمض النووي الذي يلمس موقعك المستهدف المتوقع. انظر أدناه للحصول على مثال رسومي. في حالة على سبيل المثال Cas9 Nickases ، يمكن لهذا تعيين الموقع المستهدف SGRNA الثاني (مطلوب)
• #Bases Primer Primer - يجب على عدد القواعد التي يقرأ تسلسلك على الأقل تمرير التمهيدي ليتم تضمينه كحدث حقيقي. هذا المرشح موجود للتأكد من أن الاشعال الخاص بك قد تم تلدينه في الموقع المستهدف في الحمض النووي (الافتراضي: 5 ، 0 يعطل هذا المرشح)

الإعدادات الاختيارية:

• يقرأ ماكس للتحليل - الحد الأقصى لعدد القراءات التي تريد أن تحلل SIQ لكل عينة (0 غير محدود)
• الدعم الدقيق - الحد الأدنى للرقم الذي يجب أن ينظر إليه الحدث ليكون جزءًا من إخراج SIQ (افتراضي: 2)
• Max Base Error - الحد الأقصى لكل خطأ أساسي مسموح به في قراءة (افتراضي: 0.05)
• MAX CPU - الحد الأقصى لعدد وحدات المعالجة المركزية SIQ يمكنه استخدامه في أي وقت معين. لاحظ أن SIQ يستخدم كحد أقصى من وحدة المعالجة المركزية لكل ملف (افتراضي: الكل)
• مسافة البحث عن علب - المسافة بالنسبة إلى تقاطع الحدث ليتم تضمينها في مساحة البحث للبحث عن أصل الإدراج. العلب هو إدخال تملي (افتراضي: 100)

siqplotter

عند الانتهاء من SIQ لتحليل العينات الخاصة بك ، سيؤدي ذلك إلى ملف Excel. يمكن تحميل ملف Excel هذا وتصوره مباشرة بواسطة SIQPlotter

تحميل إلى siqplotter

راجع دليل المستخدم أو دروس الفيديو لمزيد من التفاصيل حول كيفية استخدام SIQPlotter.

استكشاف الأخطاء وإصلاحها

SIQ لا يبدأ

من المحتمل أن تكون المشكلة أنه ليس لديك (الإصدار الصحيح من) Java مثبتة. تأكد من تنزيل وتثبيت أحدث إصدار من Java:

تحميل جافا

SIQ لا يزال لا يبدأ

ابدأ SIQ من داخل محطة (موجه الأوامر في Windows):

1. بدء محطة
2. انتقل إلى الدليل حيث يكون ملف SIQ JAR (على سبيل المثال التنزيلات): cd Downloads
3. ابدأ SIQ (في هذا المثال ، الملف هو siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. انشر الإخراج كمسألة.

SIQ لا تعمل على الملفات التي تحتاج إلى دمج القراءات المقترنة

يبدو أن فلاش البرنامج المطلوب لك نظام التشغيل لا يعمل. عند بدء تشغيل SIQ ، يتم نسخ الفلاش إلى الدليل الذي يعمل فيه SIQ. قد يكون البرنامج لا يعمل لنظام التشغيل الخاص بك. يرجى التحقق من إخراج commmands التالية لمعرفة ما إذا كان الفلاش يعمل

1. بدء محطة
2. انتقل إلى الدليل حيث يكون ملف SIQ JAR (على سبيل المثال التنزيلات): cd Downloads
3. قم بتشغيل فلاش مثل هذا (Linux/MacOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. إذا كان الإخراج مختلفًا ، فيرجى نشر الإخراج كمشكلة. انظر دليل المستخدم لمزيد من الخيارات

دروس الفيديو

فيديو 1. تنزيل وتثبيت SIQ

الفيديو 2. تشغيل SIQ على بياناتك

فيديو 3. تشغيل SIQ مع مرجع HDR لاكتشاف التعديلات

فيديو 4. خيارات SIQ المتقدمة

الفيديو 5. تحليل البيانات باستخدام SIQPlotter