EasyAmplicon

EasyAmplicon

Die chinesische Version in (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: Eine benutzerfreundliche, reproduzierbare und Community-basierte Open-Source-Pipeline für die Amplikon-Datenanalyse in der Mikrobiomforschung

Version: v1.21

Aktualisierung: 05.08.2024

Pipeline-Handbuch und Dateibeschreibung

Mit RStudio die Pipeline öffnen, die auf Chinesisch (pipeline.sh) und Englisch (pipeline_en.sh) verfügbar ist.

Dateibeschreibung:

• Readme.md # Einführung und Installation
• Pipeline.sh # Befehlszeilenanalyse für Windows und Linux (verfügbar auf Chinesisch und Englisch)
• Pipeline_mac.sh # Befehlszeilenanalyse für MacOS
• result/ # Beispiel-Ergebnisdaten
• result/Diversity.Rmd # Interaktive Diversity-Analyse in R und Ausgabe eines reproduzierbaren Berichts im HTML-Format

Was können wir tun?

• Analyse und Visualisierung von Mikrobiomdaten, insbesondere für 16S-rDNA-Amplikon;
• Von Rohdaten zu Feature-Tabellen;
• Unterstützt über 20 Analysemethoden und veröffentlichungsbereite Visualisierung;
• Beenden Sie Ihr Projekt auf Ihrem Laptop in kurzer Zeit (ca. 3 Stunden);
• Unterstützendes Materialhandbuch und Videos auf Chinesisch/Englisch.

Abbildung 1. Die Pipeline von EasyAmplicon zur Analyse von Paired-End-Amplikonsequenzen.

Abbildung 2. Beispiele für Visualisierungen in Publikationsqualität.

Abbildung 3. Ergänzende Beispiele für Visualisierungen in Publikationsqualität zu Abbildung 2.

Abbildung 4. Visualisierungen, die von Software von Drittanbietern unter Verwendung der Zwischendateien von EasyAmplicon generiert wurden.

Installieren

Abhängigkeit installieren

Alle Software-Backups finden Sie in

• FTP: Filezilla besucht FTP download.nmdc.cn anonym. Im Tools-Verzeichnis finden Sie die gesamte Software und Pakete von Amplicon und verschiedenen Systemen, die Mac und Win unterstützen
• Baidu Net Disk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Bitte installieren Sie die Abhängigkeitssoftware entsprechend Ihrem System (Win/Mac/Linux).

• Für die Ausführung von R-Skripten wird R 4.xx empfohlen https://www.r-project.org/. Es wird außerdem empfohlen, Rtools für Quellcodepakete zu installieren.
• RStudio 2023.xx.x ist eine integrierte Entwicklungsumgebung für R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git für Windows 2.xx.x (nur Windows) http://gitforwindows.org/
• R-Pakete schnell installieren

Für die Statistik und Visualisierung sind möglicherweise > 500 R-Pakete erforderlich. Die Installation ist zeitaufwändig und kann auch auf andere Kompilierungstools angewiesen sein. Sie können alle benötigten R-Pakete unter https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip oder db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip herunterladen, dann entpacken und mitnehmen 4.x Ordner in C:Benutzer[$Benutzername]AppDataLocalRwin-library

Installieren Sie EasyAmplicon

• Methode 1. Besuchen Sie die GitHub-Homepage, Code – Download

• EasyAmplicon-Pipeline (Positive Kontrolle) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome enthält Skripte und Datenbanken https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

Laden Sie das Projekt in C: oder D: herunter und entpacken Sie es (behalten Sie den Verzeichnisnamen genau mit dem Softwarenamen bei).

• Methode 2. Download über die Spiegelseite in BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz oder EasyMicrobiome.tar.gz

• Methode 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon und git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Hinweis: fatal: unable to access kann es erneut versuchen.

Schnellstart

Am Beispiel von Windows 10+:

1. Öffnen Sie RStudio und legen Sie das Terminal als Git Bash fest (Extras – Globale Optionen – Terminal – Neue Terminals – Git Bash – OK).
2. Datei – Datei öffnen – EasyAmplicon Ordner – Pipeline.sh (Windows/Linux) oder Pipeline_mac.sh (Mac)
3. Richten Sie das work directory (wd) und EasyMicrobiome directory (db) ein und führen Sie dann jede Zeile aus, indem Sie oben rechts auf „Ausführen“ klicken

Beispieldatensatz

• seq/ # Rohsequenzierung im gezippten Fastq-Format, Backup kann per Metadaten von GSA heruntergeladen werden https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• result/ # Beispieldaten und Zahlen für die Standardpipeline, wie Alpha, Beta, Steuern
• advanced/ # Beispiel einer erweiterten Analyse, inklusive Daten, Skripten und Ausgabezahlen

FAQ

Häufig gestellte Fragen in Pipeline.sh

Hinweis: Das gesamte .sh-Skript ist im Markdown-Format geschrieben und verwendet Youdao Note oder VSCode für ein besseres Leseerlebnis.

Zitat

Wenn Sie dieses Skript verwenden, geben Sie bitte Folgendes an:

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon: Eine benutzerfreundliche, quelloffene, reproduzierbare und Community-basierte Pipeline für die Amplikon-Datenanalyse in der Mikrobiomforschung. iMeta 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

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