scMulan

scMulan

Bienvenue dans le référentiel de scMulan_v1, présentant notre travail à venir : "scMulan : un modèle de langage pré-entraîné génératif multitâche pour l'analyse de cellules uniques."

Présentation de scMulan

scMulan est un modèle de base révolutionnaire pour l'analyse de la transcriptomique unicellulaire.
Caractéristiques:

• Annotation de type de cellule Zero-shot : classifiez sans effort les types de cellules sans formation préalable ni cartographie de référence.
• Intégration par lots Zero-shot : intégrez de manière transparente les données de divers lots.
• Génération de cellules conditionnelles : prise en charge de la simulation de perturbations in silico.

Installation

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Démarrage rapide

téléchargez le fichier ckpt et placez-le sous ./ckpt/
Préparez votre fichier de données de test et commencez à utiliser scMulan

Tutoriels

Nous avons fourni un didacticiel sur l'utilisation de scMulan pour l'annotation de types de cellules (voir didacticiel). Actuellement, scMulan prend en charge l'annotation zéro des types de cellules humaines dans sept organes, dont le cœur, les poumons, le foie, la moelle osseuse, le sang, le cerveau et le thymus.

Il pourrait également être utilisé pour obtenir des intégrations de cellules pour l'intégration par lots (voir tutoriel). Vous pouvez facilement utiliser vos données adata et obtenir une analyse de scMulan.

scMulan prend désormais en charge l'inférence sur npu.

Remerciements

• minGPT
• flash-attention
• scanné
• scib