xolotl

Xolotl: un simulateur neuronal rapide et flexible

xolotl est un simulateur rapide unique et multi-compartiment écrit en C++ avec une interface MATLAB que vous apprécierez réellement.

Pourquoi utiliser xolotl? C'est pourquoi:

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xolotl est rapide

Xolotl est écrit en C ++, et c'est rapide . Dans nos tests, il est plus de 3 fois plus rapide que les neurones pour les neurones à compartiment unique.

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xolotl est facile à utiliser

Vous souhaitez configurer un modèle Hodgkin-Huxley, injecter le courant, l'intégrer et tracer la trace de tension? C'est tout ce dont vous avez besoin:

x = xolotl ;
x .add( ' compartment ' , ' HH ' , ' A ' , 0.01 );
x . HH .add( ' liu/NaV ' , ' gbar ' , 1000 );
x . HH .add( ' liu/Kd ' , ' gbar ' , 300 );
x . HH .add( ' Leak ' , ' gbar ' , 1 );
x.I_ext = .2 ;
x . plot ;

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Xolotl a une documentation

Contrairement à certains simulateurs de neurones largement utilisés qui resteront sans nom, Xolotl a une documentation qui existe en fait ... existe.

Voici à quoi ça ressemble:

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xolotl est entièrement programmable

Xolotl est conçu pour être utilisé à partir de Matlab . Il vous donne le meilleur des deux mondes: les hautes performances du code compilé C ++ avec la puissance riche de toutes les boîtes à outils que Matlab a à offrir. Tu peux:

• Écrire des fonctions qui transmettent des modèles comme des arguments
• Optimiser les paramètres des modèles de neurones à l'aide de la boîte à outils d'optimisation globale
• exécuter des simulations en parallèle sur plusieurs ordinateurs
• avoir un seul script pour exécuter la simulation et analyser les résultats

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Accroché? Commencez ici.

Où dois-je obtenir ceci?

Cliquez ici pour télécharger et cliquez sur le fichier téléchargé à installer.

Comment citer cela?

Nous avons publié un rapport technologique dans Frontiers en neuroinformatique.

 @ARTICLE{10.3389/fninf.2018.00087,
AUTHOR={Gorur-Shandilya, Srinivas and Hoyland, Alec and Marder, Eve},   
TITLE={Xolotl: An Intuitive and Approachable Neuron and Network Simulator for Research and Teaching},      
JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics},      
VOLUME={12},      
PAGES={87},     
YEAR={2018},      
URL={https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2018.00087},       
DOI={10.3389/fninf.2018.00087},      
ISSN={1662-5196},   
}

Papiers et projets qui utilisent xolotl

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2. Les règles de plasticité homéostatique qui compensent la taille des cellules sont sensibles à la suppression des canaux
3. NBIO140 Lab 5 Lab pour NBIO140 enseigné par Steven Van Hooser
4. BlackBoxneuron Neuron Simulator conçu pour l'enseignement et la recherche de premier cycle. Utilisé pour le programme Brandeis QBREC
5. Cours de base en biosciences intégratives (BIMS 6000)