Il s'agit d'un référentiel pour un package R avec des outils de gestion des données et de visualisation pour les GPS et les données d'accéléromètre pour le suivi des animaux (par exemple, vaches). Comprend deux applications brillantes pour visualiser et analyser les données spatiales-temporelles associées.
Veuillez vous référer au manuel PDF pour des informations détaillées sur l'utilisation des fonctions.
L'application Animal Tracker est expédiée avec des données de démonstration incluses. Ou, téléchargez facilement vos propres fichiers de données animaux .csv ou .txt dans un dossier zip. Il existe une option pour que l'application filtre les mauvais points de données une fois les fichiers téléchargés. Vous pouvez configurer les paramètres de filtration et le cluster éventuellement avec un algorithme de clustering Kalman.
Par défaut, la recherche d'élévation est limitée par la latitude et la longitude maximales / minimales déterminées à partir de l'analyse des données téléchargées, mais les limites peuvent être modifiées manuellement. Ces limites ont également un impact sur le clustering Kalman à partir du menu de filtration. De même, le niveau de zoom par défaut est le zoom de carte actuel, mais peut également être modifié manuellement en valeurs de 1-14. Cliquez sur les cases à cocher pour inclure la pente et l'aspect avec élévation.
Utilisez les sélections déroulantes pour filtrer par site, animal ou plage de dates. Les fonctionnalités de l'application mettront à jour dynamiquement en fonction de vos sélections, et les données filtrées sont également disponibles en téléchargement.
De plus, Animal Tracker peut visualiser le terrain de vos données d'animaux. Basculez entre les vues ponctuelles et la carte thermique, ou superposer les deux. Dessinez un rectangle pour sélectionner une région particulière.
Animal Tracker visualise et compare également les comportements de vos animaux. Les parcelles comprennent une élévation au fil du temps par animal et le nombre de points dans l'échantillon par animal ainsi que le taux de déplacement par animal et le temps total passé par emplacement (non représenté).
L'application est livrée avec un utilitaire de résumé statistique pour compléter les visualisations. Choisissez entre l'élévation, la différence de temps entre les mesures GPS, le cours, la différence de cours entre les mesures GPS, la distance et le taux pour résumer. Ensuite, sélectionnez parmi la taille de l'échantillon, la moyenne, la médiane, l'écart type, la variance, la valeur minimale, la valeur maximale, la plage, la plage interquartile, les premiers quartiles et les troisième statistiques quartiles.
Comparez et visualisez deux ensembles de données côte à côte avec l'application de validation. Essayez l'application avec les ensembles de données de démonstration inclus, ou téléchargez vos propres fichiers .csv (.txt n'est pas encore pris en charge).
La détection des valeurs aberrantes peut également être appliquée. Nous prenons actuellement en charge la classification modifiée de z-score selon Iglewicz et Hoaglin (1993).
En outre, des statistiques sommaires sont fournies pour les données signalées de la détection aberrante de l'application ou une méthode déjà appliquée aux données avant le téléchargement.
Cette application peut être installée et exécutée via RStudio (ou la console R de base).
Avant d'installer Animal Tracker, assurez-vous que le package Devtools soit installé et chargé:
install.packages("devtools")
library(devtools)
Installer et charger Animaltracker en exécutant ce qui suit:
install_github("mathedjoe/animaltracker")
library(animaltracker)
Lancez l'application Core Shiny en exécutant ce qui suit:
run_shiny_animaltracker()
Lancez l'application de validation Shiny en exécutant ce qui suit:
run_validation_app()
Envoyez un courriel à [email protected].
