email: [email protected]
Kunjungi halaman unduh kami untuk binari yang telah dibuat sebelumnya.
Silakan periksa file CHANGES.md untuk riwayat perubahan.
SRA Toolkit dan SDK dari NCBI adalah kumpulan alat dan perpustakaan untuk menggunakan data di Arsip Baca Urutan INSDC.
21 Mei 2024 : Rilis Perangkat SRA 3.1.1
Peningkatan kesalahan pengambilan awal dan pesan informasi untuk pengguna.
Memperbaiki kesalahan dan peringatan saat membangun di Windows.
5 Maret 2024 : Rilis Perangkat SRA 3.1.0
Menggunakan prefetch --eliminate-quals sekarang akan mengunduh data SRA Lite atau melaporkan bahwa versi Lite tidak tersedia.
Mengurangi frekuensi batas waktu global untuk pengguna cloud.
vdb-validate akan melaporkan kesalahan jika checksum data (gumpalan) hilang.
Menambahkan dukungan untuk AlmaLinux.
Memperbaiki hang di macOS dan BSD.
19 Desember 2023 : Rilis Perangkat SRA 3.0.10
Memperbaiki bug dalam menggunakan JWT dengan beberapa penyimpanan cloud.
Menambahkan dukungan build untuk prosesor arm64.
29 Agustus 2023 : Perangkat SRA 3.0.7
Memperbarui vdb-config untuk meningkatkan antarmuka dan penggunaan kredensial AWS oleh SRA Toolkit.
Memperbaiki bug di kredensial AWS dengan prefetch.
Memperbaiki bug yang menghasilkan pesan 'referensi tidak ditemukan' untuk urutan referensi yang disimpan dalam proses.
10 Juli 2023 : Perangkat SRA 3.0.6
Prefetch kini mendukung token akses GCP terbaru.
Memperbaiki bug di vdb-config untuk pengguna Windows.
Untuk memastikan keluaran pembacaan teknis, fastq-dump sekarang akan secara otomatis beralih ke mode --split-files jika opsi --include-technical digunakan.
9 Mei 2023 : Perangkat SRA 3.0.5
Menambahkan dukungan untuk PacBio ke fastq-dump.
Menambahkan fitur ke urutan referensi keluaran ke fastq-dump.
Memperbaiki bug pada akses data dbGaP saat menggunakan file ngc.
3 Januari 2023 : Perangkat SRA 3.0.3
Memperbaiki regresi di sra-stat.
12 Desember 2022 : Perangkat SRA 3.0.2
Memperbaiki kegagalan 'buffer tidak mencukupi saat mengonversi string dalam modul teks' untuk prefetch di Mac.
15 November 2022 : Perangkat SRA 3.0.1
Menghapus persyaratan interaktif untuk mengonfigurasi SRA Toolkit.
Perubahan pada struktur repositori:
Untuk melayani kelompok pengguna yang berbeda dengan lebih baik, direktori tools/ dari repositori sra-tools dibagi menjadi beberapa subdirektori:
eksternal/ - alat yang digunakan pengguna akhir untuk menghadapi sra-toolkit. Ini adalah alat yang diinstal pada mesin pengguna toolkit. Ini adalah target pembuatan default
internal/ - alat yang berorientasi pada pengembang perangkat dan pengguna internal NCBI
loader/ - alat yang digunakan dalam pipa pemuatan arsip, seperti NCBI SRA
test-tools/ - alat yang digunakan dalam pengujian internal NCBI pada toolkit tersebut.
Perintah 'make' default sekarang hanya akan membuat alat eksternal. Untuk membuat kategori alat lainnya, gunakan target/tanda berikut:
'make all' - untuk membangun semuanya, termasuk proyek pengujian (terletak di sra-tools/test/)
'make BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON' - untuk membangun alat eksternal dan internal
'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON' - untuk membuat alat eksternal dan loader
'make BUILD_TOOLS_TEST_TOOLS=ON' - untuk membuat alat eksternal dan alat pengujian
'make TOOLS_ONLY=ON' - untuk melewati pembuatan proyek pengujian
Flag build yang ditunjukkan di atas dapat digabungkan pada baris perintah yang sama, misalnya 'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON TOOLS_ONLY=ON' akan membangun segalanya kecuali alat pengujian dan proyek pengujian.
4 Agustus 2022 : Pembaruan Keamanan
Karena keamanan yang diperbarui di NCBI, versi SRA Toolkit 2.9.6 dan yang lebih lama tidak lagi dapat terhubung ke layanan lokasi data NCBI. Kami menyarankan pengguna yang terkena dampak untuk memperbarui SRA Toolkit ke versi terbaru.
10 Februari 2022 : Perangkat SRA 3.0.0
SRA NCBI mengubah sistem pembangunan sumber untuk menggunakan CMake dalam rilis toolkit 3.0.0. Perubahan ini merupakan langkah penting untuk meningkatkan produktivitas pengembang karena menyediakan akses lintas platform terpadu untuk mendukung beberapa sistem pembangunan. Perubahan ini mempengaruhi pengembang yang membuat alat NCBI SRA dari sumbernya. Makefile lama dan sistem build tidak lagi didukung.
Perubahan ini juga mencakup struktur repositori GitHub, yang mengalami konsolidasi untuk menyediakan lingkungan yang lebih mudah untuk membangun alat dan pustaka (lib dan dependensi NGS dikonsolidasikan). Konsolidasi pustaka dan dependensi NGS memberikan isolasi cakupan penggunaan yang lebih baik dan membuat pembangunan menjadi lebih mudah.
ncbi/ngs
Repositori ini dibekukan. Semua pengembangan di masa depan akan dilakukan di repositori GitHub ncbi/sra-tools (repositori ini), di bawah subdirektori ngs/ .
ncbi/ncbi-vdb
Sistem pembangunan proyek ini didasarkan pada CMake. Perpustakaan yang menyediakan akses ke data SRA dalam format VDB melalui NGS API telah dipindahkan ke repositori GitHub ncbi/sra-tools.
| Lama (URL dasar: https://github.com/ncbi/ncbi-vdb) | Baru (URL dasar: https://github.com/ncbi/sra-tools) |
|---|---|
libs/ngs | ngs/ncbi/ngs |
libs/ngs-c++ | ngs/ncbi/ngs-c++ |
libs/ngs-jni | ngs/ncbi/ngs-jni |
libs/ngs-py | ngs/ncbi/ngs-py |
libs/vdb-sqlite | libs/vdb-sqlite |
test/ngs-java | test/ngs-java |
test/ngs-python | test/ngs-python |
ncbi/sra-tools (Repositori ini)
Sistem pembangunan proyek ini didasarkan pada CMake. Proyek ini memperoleh beberapa komponen baru, seperti tercantum dalam tabel di atas.
25 Oktober 2021. Perangkat SRA 2.11.3:
memperbaiki bug di fasta-dump: parameter fasta dan fasta-unsorted berfungsi dengan benar.
7 Oktober 2021. Perangkat SRA 2.11.2:
Data SRA kini tersedia dengan skor kualitas dasar penuh (SRA Normalized Format), atau dengan skor kualitas yang disederhanakan (SRA Lite), bergantung pada preferensi pengguna. Kedua format dapat dialirkan sesuai permintaan ke jenis file yang sama (fastq, sam, dll.), sehingga keduanya kompatibel dengan alur kerja yang ada dan aplikasi yang mengharapkan skor kualitas. Namun, format SRA Lite jauh lebih kecil, memungkinkan pengurangan jejak penyimpanan dan waktu transfer data, sehingga dump dapat diselesaikan lebih cepat. Toolkit SRA secara default menggunakan Format Normalisasi SRA yang mencakup skor kualitas penuh per basis, namun pengguna yang tidak memerlukan skor kualitas dasar penuh untuk analisisnya dapat meminta versi SRA Lite untuk menghemat waktu dalam transfer data mereka. Untuk meminta data SRA Lite saat menggunakan perangkat SRA, atur opsi "Pilih file SRA Lite dengan skor kualitas dasar yang disederhanakan" di halaman utama konfigurasi perangkat - ini akan menginstruksikan alat untuk secara istimewa menggunakan format SRA Lite bila tersedia ( pastikan untuk menggunakan toolkit versi 2.11.2 atau lebih baru untuk mengakses fitur ini). Skor kualitas yang dihasilkan dari file SRA Lite akan sama untuk setiap basis dalam pembacaan tertentu (kualitas = 30 atau 3, tergantung pada apakah tanda Filter Baca diatur ke 'lulus' atau 'tolak'). Data dalam Format Normalisasi SRA dengan skor kualitas dasar penuh akan tetap memiliki ekstensi file .sra, sedangkan file SRA Lite memiliki ekstensi file .sralite. Untuk informasi lebih lanjut silakan lihat halaman format data kami.
17 Agustus 2021: Perangkat SRA 2.11.1.
15 Maret 2021: Perangkat SRA 2.11.0.
16 Desember 2020: Perangkat SRA 2.10.9.
29 Juni 2020: Perangkat SRA 2.10.8.
20 Mei 2020: Perangkat SRA 2.10.7.
18 Mei 2020: Perangkat SRA 2.10.6.
1 April 2020: Perangkat SRA 2.10.5.
26 Februari 2020: Perangkat SRA 2.10.4.
18 Februari 2020: Perangkat SRA 2.10.3.
Rilis 2.10.2 sra-tools menyediakan akses ke semua dbGaP SRA dengan akses publik dan terkontrol di lingkungan AWS dan GCP (hanya Linux untuk rilis ini) . Format pengiriman asli arsip yang luas ini dan data berformat SRA dapat diakses dan dihitung di cloud ini, menghilangkan kebutuhan untuk mengunduh dari NCBI FTP serta meningkatkan kinerja.
Alat prefetch juga mengambil file pengiriman asli selain data ETL untuk data dbGaP akses publik dan terkontrol.
Dengan rilis sra-tools 2.10.0 kami telah menambahkan operasi cloud-native untuk lingkungan AWS dan GCP (hanya Linux untuk rilis ini) , untuk digunakan dengan SRA publik. prefetch mampu mengambil file pengiriman asli selain data ETL.
Dengan rilis sra-tools 2.9.1 kami akhirnya menyediakan alat fasterq-dump , pengganti alat fastq-dump yang jauh lebih tua. Sesuai dengan namanya, ini berjalan lebih cepat, dan lebih cocok untuk konversi objek SRA skala besar menjadi file FASTQ yang umum di situs dengan ruang disk yang cukup untuk file sementara. fasterq-dump bersifat multi-thread dan melakukan penggabungan massal dengan cara yang meningkatkan kinerja dibandingkan dengan fastq-dump , yang melakukan penggabungan berdasarkan per-record (dan merupakan single-thread) .
fastq-dump masih didukung karena menangani lebih banyak kasus sudut dibandingkan fasterq-dump , namun kemungkinan besar tidak akan digunakan lagi di masa mendatang.
Anda dapat memperoleh informasi lebih lanjut tentang fasterq-dump di Wiki kami di https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump.
Untuk informasi tambahan tentang penggunaan, konfigurasi, dan pembuatan toolkit ini, silakan kunjungi wiki kami atau situs web kami di NCBI
Tim Pengembangan Perangkat SRA
