napari
0.5.4
napari adalah penampil gambar multidimensi yang cepat, interaktif, untuk Python. Ini dirancang untuk menelusuri, membuat anotasi, dan menganalisis gambar multidimensi berukuran besar. Itu dibangun di atas Qt (untuk GUI), vispy (untuk rendering berbasis GPU yang berkinerja baik), dan tumpukan Python ilmiah (numpy, scipy).
Kami sedang mengembangkan napari di tempat terbuka! Namun proyek ini masih dalam tahap alfa , dan kemungkinan masih akan ada perubahan besar pada setiap rilis. Anda dapat mengikuti perkembangan repositori ini, menguji versi baru saat kami merilisnya, dan menyumbangkan ide serta kode.
Jika Anda ingin merujuk pada dokumentasi kami, silakan kunjungi napari.org. Jika Anda ingin berkontribusi, silakan lihat bagian berkontribusi di bawah.
Kami sedang mengerjakan tutorial, tetapi Anda juga dapat memulai dengan cepat dengan melihat di bawah.
Disarankan untuk menginstal napari ke dalam lingkungan virtual, seperti ini:
conda buat -y -n napari-env -c conda-forge python=3.9 conda mengaktifkan napari-env python -m pip install "napari[semua]"
Jika Anda lebih suka conda daripada pip, Anda dapat mengganti baris terakhir dengan: conda install -c conda-forge napari pyqt
Lihat di sini untuk panduan instalasi lengkap.
(Contoh di bawah memerlukan paket scikit-image untuk dijalankan. Kami hanya menggunakan sampel data dari paket ini untuk tujuan demonstrasi. Jika Anda mengubah contoh untuk menggunakan kumpulan data Anda sendiri, Anda mungkin tidak perlu menginstal paket ini.)
Dari dalam shell IPython, Anda dapat membuka penampil interaktif dengan menelepon
dari skimage impor dataimport napariviewer = napari.view_image(data.cells3d(), channel_axis=1, ndidisplay=3)
Untuk menggunakan napari dari dalam skrip, gunakan napari.run() :
from skimage import dataimport napariviewer = napari.view_image(data.cells3d(), channel_axis=1, ndisplay=3)napari.run() # mulai "event loop" dan tampilkan kepada pemirsa
Lihat skrip di folder examples kami untuk melihat beberapa fungsi yang kami kembangkan!
napari mendukung enam tipe lapisan utama yang berbeda, Image , Labels , Points , Vectors , Shapes , dan Surface , masing-masing sesuai dengan tipe data, visualisasi, dan interaktivitas yang berbeda. Anda dapat menambahkan beberapa lapisan dengan tipe berbeda ke dalam penampil dan kemudian mulai mengerjakannya, menyesuaikan propertinya.
Semua jenis lapisan kami mendukung data n-dimensi dan penampil menyediakan kemampuan untuk menelusuri dan memvisualisasikan potongan data 2D atau 3D dengan cepat.
napari juga mendukung komunikasi dua arah antara penampil dan kernel Python, yang sangat berguna saat meluncurkan dari notebook jupyter atau saat menggunakan konsol bawaan kami. Menggunakan konsol memungkinkan Anda memuat dan menyimpan data dari penampil secara interaktif dan mengontrol semua fitur penampil secara terprogram.
Anda dapat memperluas napari menggunakan pintasan khusus, pengikatan tombol, dan fungsi mouse.
Untuk detail lebih lanjut tentang cara menggunakan napari , lihat tutorial kami. Ini masih dalam proses, namun kami akan memperbaruinya secara berkala.
Untuk informasi lebih lanjut tentang rencana kami untuk napari Anda dapat membaca pernyataan misi dan nilai kami, yang mencakup rincian lebih lanjut tentang visi kami untuk mendukung ekosistem plugin di sekitar napari. Anda dapat melihat detail peta jalan proyek di sini.
Kontribusi dianjurkan! Silakan baca panduan kontribusi kami untuk memulai. Mengingat kami masih dalam tahap awal, Anda mungkin ingin menghubungi Masalah GitHub kami sebelum terjun ke dalamnya.
Jika Anda ingin berkontribusi atau mengedit dokumentasi kami, silakan kunjungi napari/docs.
napari memiliki Kode Etik yang harus dihormati oleh semua orang yang berpartisipasi dalam komunitas napari .
Anda dapat mempelajari lebih lanjut tentang bagaimana proyek napari diorganisir dan dikelola dari model tata kelola kami, yang mencakup informasi tentang, dan cara untuk menghubungi @napari/steering-council dan @napari/core-devs.
Jika menurut Anda napari berguna, harap kutip repositori ini menggunakan DOI-nya sebagai berikut:
kontributor napari (2019). napari: penampil gambar multidimensi untuk python. doi:10.5281/zenodo.3555620
Perhatikan DOI ini akan menyelesaikan semua versi napari. Untuk mengutip versi tertentu, silakan temukan DOI versi tersebut di halaman zenodo kami. DOI versi terbaru terdapat pada lencana di bagian atas halaman ini.
Kami adalah mitra komunitas di forum image.sc dan semua permintaan bantuan dan dukungan harus diposting di forum dengan tag napari . Kami berharap dapat berinteraksi dengan Anda di sana.
Laporan bug harus dibuat pada masalah GitHub kami menggunakan templat laporan bug. Jika menurut Anda ada sesuatu yang tidak berfungsi, jangan ragu untuk menghubungi kami - mungkin itu kami dan bukan Anda!
