data spasial napari

napari-spatialdata: eksplorasi interaktif dan anotasi data omics spasial

Repositori ini berisi plugin napari untuk menjelajahi dan membuat anotasi objek SpatialData secara interaktif. Di sini Anda dapat menemukan dokumentasi napari-spatialdata. napari-spatialdata adalah bagian dari ekosistem SpatialData . Untuk mempelajari lebih lanjut tentang SpatialData, silakan lihat dokumentasi data spasial.

Instalasi

Anda dapat menginstal napari-spatialdata melalui pip:

pip install napari-spatialdata[all]

Perintah all akan menginstal qt binding PyQt5 .

Anda dapat menemukan rincian lebih lanjut tentang ini di petunjuk instalasi.

Menggunakan napari-spatialdata sebagai pembaca zarr default

Jika Anda ingin menggunakan plugin sebagai pembaca zarr default, di napari silakan buka File -> Preferences -> Plugins dan ikuti instruksi di bawah File extension readers .

Versi Pengembangan

Anda dapat menginstal napari-spatialdata dari Github dengan:

pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata

Atau, Anda juga dapat menginstal dalam mode yang dapat diedit setelah mengkloning repo dengan:

git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .

Catatan: saat melakukan instalasi napari-spatialdata yang dapat diedit, spatialdata akan diinstal ulang dari pip . Jadi, jika sebelumnya Anda juga membuat instalasi spatialdata yang dapat diedit, Anda perlu menjalankan kembali pip install -e . pada repositori spatialdata . Silakan temukan rincian lebih lanjut tentang ini dalam petunjuk instalasi.

Memulai

Untuk mempelajari cara menggunakan plugin napari-spatialdata , silakan lihat dokumentasi. Untuk mempelajari cara mengintegrasikan napari-spatialdata ke dalam alur kerja analisis Anda, silakan lihat tutorial SpatialData. Secara khusus:

• Memberi anotasi pada wilayah yang diminati dengan napari

• Gunakan anotasi landmark untuk menyelaraskan beberapa lapisan -omics

Berkontribusi

Kontribusi sangat diharapkan. Pengujian dapat dijalankan dengan tox, harap pastikan cakupannya setidaknya tetap sama sebelum Anda mengirimkan permintaan penarikan.

Lisensi

Didistribusikan di bawah ketentuan lisensi BSD-3,"napari-spatialdata" adalah perangkat lunak sumber terbuka dan gratis

Masalah

Jika Anda mengalami masalah, harap ajukan masalah beserta penjelasan detailnya.

Kutipan

Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA dkk. SpatialData: kerangka data terbuka dan universal untuk omics spasial. Metode Nat (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x