sirius
SIRIUS
Metode kami ditawarkan kepada komunitas ilmiah sebagai sumber daya yang tersedia secara gratis. Dilarang (menyebarkan kembali) metode tersebut, seluruhnya atau sebagian, untuk tujuan komersial. Layanan web SIRIUS (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist, dan lainnya) yang diselenggarakan oleh grup Böcker hanya untuk keperluan penelitian akademis dan pendidikan. Harap tinjau persyaratan layanan versi akademis untuk detailnya. Untuk pengguna non-akademik, Bright Giant GmbH menyediakan lisensi dan semua layanan terkait. Kami meminta pengguna alat kami mengutip makalah terkait dalam setiap publikasi yang dihasilkan.
SIRIUS adalah kerangka perangkat lunak berbasis java untuk analisis data metabolit LC-MS/MS dan "molekul kecil yang memiliki kepentingan biologis" lainnya. SIRIUS mengintegrasikan kumpulan alat kami, termasuk CSI:FingerID (dengan COSMIC), ZODIAC, CANOPUS. Secara khusus, antarmuka pengguna grafis dan versi baris perintah SIRIUS mengintegrasikan layanan web CSI:FingerID, CANOPUS, dan MSNovelist dengan mulus.
Pengembang utama SIRIUS adalah grup Böcker dan Bright Giant GmbH
Dokumentasi Online
Video tutorial
Bab buku tentang penggunaan SIRIUS 4 (Pracetak) -- tidak mencakup opsi pemrosesan LC-MS/MS yang baru
Data demo
Logo untuk publikasi dan presentasi
untuk Windows (64bit): msi/zip
untuk Mac (64bit): pkg/zip
untuk Linux (64bit): zip
Semua (termasuk rilis sebelumnya) dapat ditemukan di sini.
Untuk Windows dan MacOS, versi penginstal SIRIUS (msi/pkg) sebaiknya dipilih tetapi mungkin memerlukan izin administrator.
Karena kami tidak membayar Microsoft/Apple untuk sertifikasi, Anda mungkin harus mengonfirmasi bahwa Anda ingin mempercayai "perangkat lunak dari sumber yang tidak dikenal" di Windows/MacOS saat menggunakan penginstal yang disediakan oleh grup Böcker. Oleh karena itu, kami sangat menyarankan untuk menggunakan penginstal bertanda tangan yang disediakan oleh Bright Giant (juga ditautkan di atas). Pemasang ini memudahkan proses instalasi dengan tidak memicu (atau kurang) masalah keamanan pada OS masing-masing.
Lihat dokumentasi untuk detailnya.
Akun pengguna dapat dibuat langsung melalui SIRIUS GUI. Silakan gunakan alamat email institusi Anda. Layanan web SIRIUS gratis untuk penggunaan akademis/non-komersial. Biasanya institusi akademis diidentifikasi berdasarkan domain emailnya dan akses akan diberikan secara otomatis. Dalam beberapa kasus, validasi lebih lanjut atas akademik/non-komersial Anda mungkin diperlukan. Lihat juga Dokumentasi SIRIUS – Akun dan Lisensi.
SIRIUS
SDK Java SIRIUS-API
SDK SIRIUS-API
Untuk mendapatkan berita, bantuan, atau mengajukan pertanyaan, silakan bergabung dengan Komunitas Gitter kami #sirius-ms:gitter.im .
Untuk laporan bug atau permintaan fitur, silakan gunakan masalah di GitHub kami. Atau periksa dokumentasi untuk informasi lebih lanjut tentang topik ini.
Pohon fragmentasi dan spektrum dapat langsung diunggah dari SIRIUS ke layanan web CSI:FingerID, CANOPUS, dan MSNovelist. Hasilnya diambil dari layanan web dan dapat ditampilkan di antarmuka pengguna grafis SIRIUS. Fungsionalitas ini juga tersedia untuk alat baris perintah SIRIUS. Struktur pelatihan untuk prediktor CSI:FingerID tersedia melalui API web CSI:FingerID:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (melatih struktur untuk mode ion positif)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (melatih struktur untuk mode ion negatif)
Interpretasi manual spektrum massa tandem memakan waktu dan tidak sepele. SIRIUS menganalisis pola fragmentasi yang menghasilkan pohon fragmentasi hipotetis, di mana simpul dianotasi dengan rumus molekul dari fragmen dan busur (tepi) mewakili peristiwa fragmentasi (kerugian). SIRIUS memungkinkan analisis otomatis dan throughput tinggi terhadap data MS senyawa kecil di luar komposisi unsur tanpa memerlukan struktur senyawa atau database spektral massa.
SIRIUS menyimpulkan rumus molekul senyawa kecil dengan memberi peringkat pola isotop dari spektrum massa resolusi tinggi. Setelah pra-pemrosesan, keluaran spektrometer massa adalah daftar puncak yang sesuai dengan massa molekul sampel dan kelimpahannya. Pada prinsipnya, komposisi unsur molekul kecil dapat diidentifikasi hanya dengan menggunakan massa yang akurat. Namun, bahkan dengan akurasi massa yang sangat tinggi, banyak rumus yang diperoleh di wilayah massa yang lebih tinggi. Spektrometri massa resolusi tinggi memungkinkan kita menentukan pola isotop molekul sampel dengan akurasi luar biasa dan menerapkan informasi ini untuk mengidentifikasi komposisi unsur molekul sampel. SIRIUS dapat diunduh sebagai antarmuka pengguna grafis (lihat Sirius GUI) atau sebagai alat baris perintah.
Kai Dührkop, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Alexander A. Aksenov, Alexei V. Melnik, Marvin Meusel, Pieter C. Dorrestein, Juho Rousu dan Sebastian Böcker. SIRIUS 4: Mengubah spektrum massa tandem menjadi informasi struktur metabolit. Metode Alam 16, 299–302, 2019.
Michael A. Stravs dan Kai Dührkop, Sebastian Böcker dan Nicola Zamboni. MSNovelist: Pembuatan struktur de novo dari spektrum massa. Nature Methods 19, 865–870, 2022. (Kutip jika Anda menggunakan: MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop dan Sebastian Böcker. Anotasi struktural berkeyakinan tinggi dari metabolit tidak ada di perpustakaan spektral. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (Kutip jika Anda menggunakan: CSI:FingerID , COSMIC )
Kai Dührkop, Louis-Félix Nothias, Markus Fleischauer, Raphael Reher, Marcus Ludwig, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, William H. Gerwick, Juho Rousu, Pieter C. Dorrestein dan Sebastian Böcker. Klasifikasi sistematis metabolit yang tidak diketahui menggunakan spektrum massa fragmentasi resolusi tinggi. Bioteknologi Alam , 2020. (Kutip jika Anda menggunakan CANOPUS )
Yannick Djoumbou Feunang, Roman Eisner, Craig Knox, Leonid Chepelev, Janna Hastings, Gareth Owen, Eoin Fahy, Christoph Steinbeck, Shankar Subramanian, Evan Bolton, Russell Greiner, David S. Wishart. ClassyFire: klasifikasi kimia otomatis dengan taksonomi yang komprehensif dan dapat dihitung. Jurnal Cheminformatics 8, 61, 2016. (Publikasi ClassyFire ; kutip ini jika Anda menggunakan CANOPUS )
Marcus Ludwig, Louis-Félix Nothias, Kai Dührkop, Irina Koester, Markus Fleischauer, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, Fernando Vargas, Mustafa Morsy, Lihini Aluwihare, Pieter C. Dorrestein, Sebastian Böcker. Anotasi rumus molekul yang tidak bergantung pada database menggunakan pengambilan sampel Gibbs melalui ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. (Kutip jika Anda menggunakan ZODIAC )
Kai Dührkop dan Sebastian Böcker. Pohon fragmentasi dimuat ulang. Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. (Kutip ini untuk analisis pola fragmentasi dan perhitungan pohon fragmentasi )
Kai Dührkop, Huibin Shen, Marvin Meusel, Juho Rousu, dan Sebastian Böcker. Pencarian database struktur molekul dengan spektrum massa tandem menggunakan CSI:FingerID. Prosiding National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. (kutip ini saat menggunakan CSI:FingerID )
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták dan Anton Pervukhin. SIRIUS: menguraikan pola isotop untuk identifikasi metabolit. Bioinformatika 25(2), 218-224, 2009. (Kutip ini untuk analisis pola isotop )
Shipei Xing, Sam Shen, Banghua Xu, Xiaoxiao Li dan Tao Huan. BUDDY: penemuan rumus molekul melalui interogasi MS/MS dari bawah ke atas. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (Kutip jika Anda menggunakan: Pembuatan rumus molekul dari bawah ke atas)
Marcus Ludwig, Kai Dührkop dan Sebastian dan Böcker. Jaringan Bayesian untuk identifikasi metabolit spektrometri massa melalui sidik jari molekuler. Bioinformatika , 34(13): i333-i340. 2018. Proses. Sistem Cerdas untuk Biologi Molekuler (ISMB 2018). (Kutipan untuk CSI: FingerID Scoring)
W. Timothy J. White, Stephan Beyer, Kai Dührkop, Markus Chimani dan Sebastian Böcker. Subpohon Berwarna-warni yang Cepat. Dalam Proc. Konferensi Komputasi dan Kombinatorik (COCOON 2015) , volume 9198 dari Lect Notes Comput Sci , halaman 310-322. Springer, Berlin, 2015. (sebutkan alasan mengapa komputasi berlangsung cepat , bahkan di komputer laptop)
Huibin Shen, Kai Dührkop, Sebastian Böcker dan Juho Rousu. Identifikasi Metabolit melalui Pembelajaran Multiple Kernel pada Pohon Fragmentasi. Bioinformatika , 30(12):i157-i164, 2014. Proc. Sistem Cerdas untuk Biologi Molekuler (ISMB 2014). (Memperkenalkan mesin di belakang CSI:FingerID )
Imran Rauf, Florian Rasche, François Nicolas dan Sebastian Böcker. Menemukan Subpohon Warna-warni Maksimal dalam praktiknya. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (Lebih lanjut, pembahasan sebelumnya tentang mengapa komputasi menjadi cepat saat ini)
Heinonen, M.; Shen, H.; Zamboni, N.; Rousu, J. Identifikasi metabolisme dan prediksi sidik jari molekuler melalui pembelajaran mesin. Bioinformatika , 2012. Vol. 28, no 18, hal.2333-2341. (Memperkenalkan gagasan untuk memprediksi sidik jari molekuler dari data tandem MS)
Florian Rasche, Aleš Svatoš, Ravi Kumar Maddula, Christoph Böttcher, dan Sebastian Böcker. Menghitung Pohon Fragmentasi dari Data Spektrometri Massa Tandem. Kimia Analitik (2011) 83 (4): 1243–1251. (Kutip ini untuk pengenalan pohon fragmentasi seperti yang digunakan oleh SIRIUS)
Sebastian Böcker dan Florian Rasche. Menuju identifikasi metabolit de novo dengan menganalisis spektrum massa tandem. Bioinformatika (2008) 24 (16): i49-i55. ( Makalah pertama yang menyebutkan pohon fragmentasi seperti yang digunakan oleh SIRIUS)
Dimulai dengan versi 4.4.27, SIRIUS dilisensikan di bawah GNU Affero General Public License (GPL). Jika Anda mengintegrasikan SIRIUS ke perangkat lunak lain, kami sangat menganjurkan Anda untuk menjadikan penggunaan SIRIUS serta literatur yang dikutip transparan kepada pengguna.
