LengkunganR

---

ArchR memiliki fitur baru yang tersedia untuk Analisis scATAC-seq

Analisis scATAC-seq dan scRNA-seq berpasangan

ArchR sekarang mendukung Analisis scATAC-seq dan scRNA-seq berpasangan!
Lihat pembaruan dengan importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
Untuk tutorial singkat tentang fitur-fitur ini: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html

Analisis Lintasan

ArchR sekarang secara langsung mendukung analisis lintasan berbasis monocle3 dan Slingshot!
Lihat pembaruan dengan getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
Untuk tutorial singkat tentang fitur-fitur ini: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html

Selain itu ArchR sekarang memungkinkan ekspor matriks puncak yang kompatibel dengan STREAM!
Lihat pembaruan dengan eksporPeakMatrixForSTREAM

ArchR saat ini masih dalam versi Beta dan akan aktif dikembangkan melalui proses peer review.

ArchR adalah paket R berfitur lengkap untuk memproses dan menganalisis data ATAC-seq sel tunggal. ArchR menyediakan rangkaian alat analisis scATAC-seq terlengkap dari semua perangkat lunak yang tersedia. Selain itu, ArchR unggul dalam kecepatan dan penggunaan sumber daya, sehingga memungkinkan analisis 1 juta sel dalam 8 jam di laptop MacBook Pro.

Untuk petunjuk instalasi dan dokumentasi lengkap, kunjungi www.ArchRProject.com.

---

Instalasi Cepat ArchR

Untuk panduan lengkap tentang instalasi dan masalah terkait lainnya, silakan kunjungi www.ArchRProject.com.

Pertama, instal devtools (untuk menginstal paket GitHub) jika belum diinstal:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

Kemudian, instal BiocManager (untuk menginstal paket biokonduktor) jika belum terinstal:

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

Kemudian, instal ArchR:

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Terakhir, instal semua dependensi ArchR yang tidak diinstal secara default:

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

Jika salah satu langkah ini gagal, Anda harus mengidentifikasi paket yang bermasalah dan memecahkan masalah instalasi individual tersebut sebelum melanjutkan. Selain itu, silakan lihat situs web ArchR (www.ArchRProject.com) di mana kami memiliki tip pemecahan masalah instalasi.

Masalah saat menggunakan ArchR?

ArchR saat ini dalam versi beta . Kami memperkirakan akan ada gundukan di jalan. Jika Anda merasa menemukan bug, silakan instal terlebih dahulu ArchR versi terbaru melalui

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

Jika ini tidak menyelesaikan masalah Anda, harap laporkan masalah di Github dengan formulir Laporan Bug .

Jika Anda memiliki pertanyaan tentang penggunaan ArchR, silakan merujuk ke panduan pengguna lengkap yang dapat dicari, bagian FAQ, dan publikasi. Jika menurut Anda dokumentasi di situs web ini atau di anotasi fungsi tidak jelas, silakan kirimkan masalah di Github dengan formulir Permintaan Dokumentasi . Jika ada fitur yang menurut Anda hilang dari ArchR dan Anda sudah mencari di manual pengguna , kirimkan masalah di Github dengan formulir Permintaan Fitur . Jika tidak ada opsi ini yang membantu, kirimkan email kepada kami. Kami akan melakukan yang terbaik untuk menjawab pertanyaan yang tidak terjawab dalam dokumentasi.