RamMP DB
v2.3.3
RaMP 3.0 kini telah dirilis dan menyertakan database backend yang diperbarui dengan anotasi yang diperluas untuk >200.000 metabolit dan ~16.000 gen/protein. Anotasi mencakup jalur biologis, kelas dan struktur kimia (hanya untuk metabolit), ontologi (hanya metabolit), dan hubungan enzim-metabolit berdasarkan reaksi kimia. Anotasi diambil dari HMDB, KEGG (melalui HMDB), Lipid-MAPS, WikiPathways, Reactome, CheBI, dan database reaksi Rhea.
Paket R ini mencakup fungsi yang memungkinkan pengguna berinteraksi dengan sumber daya terkini dan komprehensif ini. Fungsinya mencakup 1) kueri sederhana dan batch untuk jalur, ontologi, anotasi kimia, dan hubungan gen-metabolit tingkat reaksi; 2) analisis jalur dan pengayaan kimia.
Kode yang digunakan untuk membangun database RaMP backend tersedia secara gratis di https://github.com/ncats/RaMP-Backend.
Silakan klik di sini untuk melihat naskah terbaru kami.
Antarmuka web baru kami yang diperbarui dapat ditemukan di https://rampdb.nih.gov/. Kode ini tersedia untuk umum di https://github.com/ncats/RaMP-Client/.
Akses API sekarang tersedia di sini.
Tujuan RaMP adalah untuk menyediakan database yang tersedia untuk umum yang mengintegrasikan metabolit dan gen/protein biologis, kimia, dan lainnya dari berbagai sumber. Struktur database dan data tersedia sebagai file database SQLite dan langsung diunduh saat menggunakan paket RaMP. Silakan lihat Petunjuk Instalasi untuk informasi lebih lanjut. Harap dicatat bahwa proyek ini sedang dalam pengembangan berkelanjutan dan kami menghargai masukan apa pun.
Untuk pertanyaan atau masukan apa pun, silakan kirimkan catatan kepada kami di [email protected].
Jika Anda menemukan bug, silakan kirimkan masalah melalui repo GitHub ini.
Paket R dan aplikasi terkait melakukan kueri berikut:
1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses
Petunjuk terperinci untuk menginstal RaMP secara lokal ada di bawah. Kami juga telah menyusun sketsa untuk membantu Anda memulai analisis. Klik di sini untuk sketsa.
Jika Anda menggunakan RaMP-DB, harap kutip karya berikut:
Braisted J, Patt A, Tindall C, Sheils T, Neyra J, Spencer K, Eicher T, Mathé EA. RaMP-DB 2.0: basis pengetahuan yang diperbarui untuk memperoleh wawasan biologis dan kimia dari metabolit, protein, dan gen. Bioinformatika. 2023 1 Januari;39(1):btac726. doi: 10.1093/bioinformatika/btac726. PMID: 36373969; ID PMC: PMC9825745. Untuk mengakses, klik di sini
Zhang, B., dkk., RaMP: Database Relasional Komprehensif Jalur Metabolomik untuk Analisis Pengayaan Jalur Gen dan Metabolit. Metabolit, 2018.8(1). PMID: 29470400; ID PMC: PMC5876005; DOI: 10.3390/metabo8010016 Untuk mengakses, klik di sini
Untuk menggunakan paket R ini secara lokal, Anda perlu menginstal kode R di bawah repositori ini.
Catatan Khusus: Terdapat ketidakcocokan (dilaporkan di sini: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html) antara versi BiocFileCache yang diinstal menggunakan BiocManager (2.8.0) dan versi sebenarnya versi terbaru (2.10.1). Yang terakhir ini diperlukan agar kompatibel dengan dependensi lain di RaMP-DB. Untuk menginstal versi terbaru, Anda perlu mengunduh file sumber dari Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html), lalu menginstal menggunakan fungsi install.packages(). Untuk Mac, tampilannya seperti ini:
install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")
Anda dapat menginstal paket ini langsung dari GitHub menggunakan fungsi install_github() yang tersedia melalui paket devtools. Di Konsol R, ketikkan yang berikut ini:
# Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )
# Load the package
library( RaMP )
# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()
# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()
# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )
Ketika id gen atau metabolit dimasukkan untuk kueri, ID harus diawali dengan database asalnya, misalnya kegg:C02712, hmdb:HMDB04824, atau CAS:2566-39-4. Daftar ID metabolit atau gen/protien mungkin berasal dari sumber campuran. Ingatlah untuk menyertakan titik dua di awalan. Awalan id yang saat ini disertakan dalam RaMP adalah:
| Tipe Analit | Jenis Awalan ID |
|---|---|
| Metabolit | hmdb, pubchem, chebi, chemspider, kegg, CAS, LIPIDMAPS, swisslipids, lipidbank, wikidata, plantfa, kegg_glikan |
| Gen/Protein | ensembl, entrez, gene_symbol, uniprot, hmdb, ncbiprotein, EN, wikidata, chebi |
Fungsi RaMP berikut dapat digunakan untuk mencantumkan semua tipe awalan id yang diwakili.
rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')
