Cara mengunduh secara manual metadata semua genom organisme yang tersedia di NCBI

Bagaimana cara mengunduh metadata semua genom organisme yang tersedia secara manual di NCBI?

PENULIS: Dr Asad Prodhan https://asadprodhan.github.io/

Langkah 1: Cari organisme Anda di database NCBI

• Kunjungi situs web NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• Cari organisme Anda seperti yang ditunjukkan untuk Fusarium di kotak persegi panjang merah pada Gambar 1

• Hasil pencarian akan ditampilkan dalam berbagai kategori (Gbr. 1)

• Klik pada database Genom seperti yang ditunjukkan oleh segi enam merah pada Gambar 1

Gambar 1: Cari organisme Anda di database NCBI.

Langkah 2: Pilih metadata yang Anda minati

• Anda akan melihat sesuatu seperti Gambar 2

• Centang kotak perakitan seperti yang ditunjukkan oleh lingkaran merah pada Gambar 2

• Klik pada tab Pilih kolom seperti yang ditunjukkan oleh persegi panjang merah pada Gambar 2

Gambar 2: Pilih metadata yang Anda minati.

• Pilih metadata yang Anda minati dan terapkan (Gbr. 3)

Gambar 3: Metadata yang tersedia.

Langkah 3: Unduh metadata

• Klik pada tab Download seperti yang ditunjukkan oleh lingkaran merah pada Gambar 4

• Pilih Unduh Tabel dari menu tarik-turun

• Pilih format Nilai yang dipisahkan tab (TSV).

• Klik Unduh

Gambar 4: Unduh metadata.

Langkah 3: Ubah file TSV menjadi lembar excel

• File TSV yang berisi metadata akan diunduh.

• Anda dapat membuka file TSV di excel seperti Gambar 5.

Gambar 5: Lembar metadata.

Sekarang, Anda memiliki lembar excel yang berisi metadata dari semua rangkaian genom Fusarium yang tersedia.

Anda dapat memilah informasi ini dan membuat daftar pendek nomor perakitan yang ingin Anda unduh.

Lihat tutorial ini tentang cara mengunduh urutan genom secara otomatis:

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically