partis

partis

Partis adalah kerangka kerja berbasis HMM untuk anotasi urutan reseptor sel B dan T, simulasi, inferensi keluarga klonal dan garis germinal, serta prediksi afinitas. Itu dibangun di atas kompiler ham HMM dan seperangkat alat anotasi Smith-Waterman ig-sw. Partis adalah perangkat lunak gratis di bawah GPL v3.

Berbagai komponen dijelaskan dalam makalah berikut. Karena fungsinya sangat berbeda, sebaiknya Anda mengutip makalah spesifik yang menjelaskan komponen yang Anda gunakan.

• Pengelompokan berpasangan Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2022). Inferensi keluarga klon sel B menggunakan informasi pasangan rantai berat/ringan. Biologi Komputasi PLoS, 18(11), e1010723.
• Metrik seleksi Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2020). Menggunakan struktur garis keturunan reseptor sel B untuk memprediksi afinitas. Biologi Komputasi PLoS, 16(11), e1008391.
• Inferensi Germline Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019). Inferensi germline imunoglobulin per sampel [...]. Biologi Komputasi PLoS, 15(7), e1007133.
• Inferensi keluarga klonal Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). Inferensi Keluarga Klonal Sel B Berbasis Kemungkinan. Biologi Komputasi PLoS, 12(10), e1005086.
• Kerangka kerja HMM dan anotasi BCR Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). Konsistensi [...] Memungkinkan Anotasi Urutan Reseptor Sel B yang Akurat. Biologi Komputasi PLoS, 12(1), e1004409.

Tempat terbaik untuk mulai membaca manual ini adalah mulai cepat atau daftar isi. Detail tentang banyak opsi yang tidak didokumentasikan di sana dapat ditemukan dengan menjalankan bantuan setiap subperintah, misalnya partis cache-parameters --help atau partis simulate --help .

Untuk bertanya tentang cara menjalankan atau cara kerjanya, silakan gunakan grup Google. Sebaliknya, untuk masalah spesifik pada perangkat lunak, misalnya laporan bug atau permintaan fitur, kirimkan masalah ke github. Anda juga dapat mencari melalui diskusi sebelumnya baik di grup Google maupun dalam edisi tertutup. Jika Anda ingin diberitahu bila ada perubahan penting, silakan berlangganan grup Google.