STRS

Urutan RNA Total Spasial: STRS

Rangkaian alur kerja molekuler dan komputasi untuk Spatial Total RNA-Sequencing (STRS)

Repositori ini memiliki semua protokol, pipeline, dan skrip yang Anda perlukan untuk menjalankan dan menganalisis STRS di hampir semua sampel!

Lihat txg_snake , pipeline yang sedang dalam proses untuk 10x perpustakaan, terutama kumpulan data STRS!

Tautan naskah:

• McKellar dkk, Bioteknologi Alam , 2022

• tautan pracetak bioRxiv

Deskripsi subdirektori:

• manuscripts : file .pdf dari pracetak dan manuskrip selanjutnya (semoga!)

• protocols : Dokumen Microsoft word dan .pdf dari protokol yang digunakan di sini

• pipelines : Alur kerja Snakemake yang digunakan dalam penelitian kami. Ini termasuk jalur penyelarasan untuk data STRS (kallisto, STARsolo, & miRge3.0), data RNAseq kecil (STAR ​​& miRge3.0), SmartSeqTotal (kallisto), dan VASAdrop (kallisto)

• scripts : Semua kode lain yang kami gunakan! Sebagian besar berisi skrip R dan fungsi utilitas yang digunakan dalam analisis spasial kami.

• references : info & skrip pada genom referensi & anotasi yang digunakan dalam penelitian ini

• resources : berbagai macam metadata, daftar gen, dan informasi lain yang kami gunakan untuk menganalisis data kami , lihat file README di setiap subdirektori untuk lebih jelasnya

Data yang dihasilkan untuk makalah ini:

• Kumpulan data STRS: GSE200481

• Data RNAseq kecil SkM/hati: GSE200480

• data RNAseq total inti tunggal (garis sel C2C12): GSE209780

Data tambahan dianalisis:

• Data RNA Atlas kecil (Isakova et al, PNAS , 2020): GSE119661

• Data SmartSeqTotal (Isakova dkk, PNAS , 2021): GSE151334

• Data VASAdrop (Salmen dkk, Bioteknologi Alam , 2022): GSE176588

Kontak:

• Iwijn De Vlaminck ([email protected])

• Benjamin D. Cosgrove ([email protected])

• David W. McKellar ([email protected])