corrplot hasil korelasi genetik LDSC

Ringkasan

Repo ini menyediakan skrip kami untuk mereproduksi corrplot korelasi genetik (Gbr. 2) berdasarkan hasil regresi skor LD bivariat (Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018).

Persyaratan

R dengan dplyr dan versi corrplot kami yang dimodifikasi (mkanai/corrplot).

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

Plot korelasi genetik (Gbr. 2)

Kami memodifikasi corrplot untuk memvisualisasikan korelasi genetik berpasangan yang diperkirakan melalui regresi skor LD bivariat. Kotak yang lebih besar berhubungan dengan FDR yang lebih signifikan ( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ). Korelasi yang signifikan (FDR < 0,05) ditunjukkan dengan tanda bintang ( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') ).

Penggunaan

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

Masukan: Korelasi genetik ( `input_rg.txt` )

File ini menyediakan daftar semua korelasi genetik berpasangan yang diperkirakan melalui perangkat lunak ldsc. Skrip mengharapkan semua baris bersifat unik ( yaitu, satu baris untuk setiap pasangan sifat). Bidang yang wajib diisi adalah sebagai berikut:

p1_category : Kategori sifat dari sifat 1
p1 : Sifat 1
p2_category : Kategori sifat dari sifat 2
p2 : Sifat 2
rg : Korelasi genetik
p : Nilai-P
q : nilai q FDR

Masukan: Daftar sifat ( `traitlist.txt` )

File ini menyediakan daftar ciri-ciri dan kategorinya. Ini mendefinisikan warna setiap kategori dalam sebuah gambar. Bidang yang wajib diisi adalah sebagai berikut:

CATEGORY : Kategori sifat
TRAIT : Nama sifat
COLOR : Warna kategori

Keluaran

Contoh keluaran ditunjukkan di bawah ini. Untuk mendapatkan gambar yang dipublikasikan, kami mengedit keluaran pdf menggunakan Adobe Illustrator.

Kutipan

Paket corrplot asli:

Taiyun Wei dan Viliam Simko. Paket R "corrplot": Visualisasi Matriks Korelasi (Versi 0.85). (2018) Tersedia dari https://github.com/taiyun/corrplot.

Contoh data dan gambar yang dipublikasikan:

Kanai, M., dkk . Analisis genetik terhadap sifat-sifat kuantitatif pada populasi Jepang menghubungkan jenis sel dengan penyakit manusia yang kompleks. Nat. Genet. 50 , 390–400 (2018). doi:10.1038/s41588-018-0047-6