URD
Version 1.1.1
URD adalah paket R yang dirancang untuk merekonstruksi lintasan transkripsional yang mendasari spesifikasi atau proses diferensiasi dalam bentuk pohon percabangan, menggunakan data pengurutan RNA sel tunggal. Namanya diambil dari tokoh mitologi Norse yang memelihara pohon dunia dan menentukan semua nasib.
URD dijelaskan dalam:
Rekonstruksi lintasan perkembangan sel tunggal selama embriogenesis ikan zebra.
Farrell JA & Wang Y (kontribusi setara), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A & Schier AF (kontribusi setara).
Sains 26 April 2018. doi: 10.1126/science.aar3131
Untuk memulai, lihat Tutorial Memulai Cepat: (Lihat) (Unduh)
Analisis tambahan lengkap dari Farrell & Wang, dkk. yang menggambarkan rekonstruksi lintasan perkembangan selama embriogenesis ikan zebra (3,3-12 jam pasca pembuahan) juga tersedia.
Analisis tambahan lengkap dari Siebert, Farrell, dkk. yang menggambarkan rekonstruksi lintasan perkembangan pada Hydra dewasa juga tersedia.
Tutorial plotting data olahan dari Siebert, Farrell, dkk. (lihat di bawah untuk mengunduh) tersedia di sini
Objek URD yang diolah dari embriogenesis ikan zebra (3,3 – 12 jam pasca pembuahan) dari Farrell & Wang, dkk. dapat diunduh dari Portal Sel Tunggal Luas (memerlukan log-in).
Objek URD yang diproses dari Hydra dewasa dari Siebert, Farrell, dkk. dapat diunduh dari Portal Sel Tunggal Luas (memerlukan log-in) atau dari Data Dryad.
Perubahan terperinci dan versi kecil tercantum di NEWS.md
Versi 1.1 dirilis! Ini mencakup fungsi baru untuk menggunakan analisis modul NMF untuk mendeteksi dan menghapus doublet, fungsi baru untuk melihat ekspresi gen relatif terhadap waktu semu, dan fungsi plot baru untuk memeriksa data. Ini menyertai publikasi Lintasan diferensiasi sel induk di Hydra diselesaikan pada resolusi sel tunggal.
Versi 1.0 dirilis! Ini menyertai naskah kami Rekonstruksi sel tunggal dari lintasan perkembangan selama embriogenesis ikan zebra!
