scMulan

scMulan

Selamat datang di repositori scMulan_v1, yang menampilkan karya kami yang akan datang: "scMulan: Model Bahasa Pra-latihan Generatif Multitugas untuk Analisis Sel Tunggal."

Memperkenalkan scMulan

scMulan adalah model dasar terobosan untuk analisis transkriptomik sel tunggal.
Fitur:

• Anotasi Tipe Sel Zero-shot: Mengklasifikasikan tipe sel dengan mudah tanpa pelatihan sebelumnya atau pemetaan referensi.
• Integrasi Batch Zero-shot: Integrasikan data dengan mulus dari beragam batch.
• Generasi Sel Bersyarat: Mendukung simulasi gangguan in-silico.

Instalasi

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Mulai cepat

unduh file ckpt dan letakkan di bawah ./ckpt/
Siapkan file data pengujian Anda, dan mulai gunakan scMulan

Tutorial

Kami menyediakan tutorial penggunaan scMulan untuk anotasi tipe sel (lihat tutorial). Saat ini, scMulan mendukung anotasi zero-shot pada tipe sel manusia di tujuh organ termasuk Jantung, Paru-paru, Hati, Sumsum Tulang, Darah, Otak, dan Timus.

Ini juga dapat digunakan untuk mendapatkan penyematan sel untuk integrasi batch (lihat tutorial). Anda dapat dengan mudah menggunakan data Anda dan mendapatkan analisis dari scMulan.

scMulan sekarang mendukung inferensi pada npu.

Ucapan Terima Kasih

• minGPT
• perhatian kilat
• minim
• scib