intervene

Campur tangan

alat untuk persimpangan dan visualisasi beberapa gen atau kumpulan wilayah genom

Dokumentasi

Dokumentasi terperinci tersedia dalam berbagai format: HTML | PDF | ePUB

Instalasi

Instalasi cepat menggunakan Conda

conda install -c bioconda intervene

Ini akan menginstal semua dependensi dan Anda siap menggunakan Intervene.

Instal menggunakan pip

Anda dapat menginstal Intervene dari PyPi menggunakan pip.

Instal dari PyPi:

 instalasi pip campur tangan

Catatan: Jika Anda menginstal menggunakan pip, pastikan untuk menginstal paket BEDTools dan R yang tercantum di bawah.

Intervensi memerlukan modul Python dan paket R berikut:

• Python (=> 3.3 ): https://www.python.org/
• BedTools (Versi terbaru): https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Panda (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
• Paket R termasuk UpSetR (v1.4.0), corrplot

Instal BEDTools

Kami menggunakan pybedtools, yang merupakan pembungkus Python untuk BEDTools. Jadi, BEDTools harus diinstal sebelum menggunakan Intervene. Disarankan untuk memiliki versi terbaru, tetapi jika Anda sudah menginstal versi lama, itu akan baik-baik saja.

Instalasi cepat, jika Anda telah menginstal conda.

conda install -c bioconda bedtools

Silakan baca instruksi di https://github.com/arq5x/bedtools2 untuk menginstal BEDTools, dan pastikan itu ada di jalur Anda dan Anda dapat memanggil bedtools dari direktori mana pun.

Instal paket R yang diperlukan

Intervensi memerlukan tiga paket R, UpSetR , corrplot untuk visualisasi dan Cairo untuk menghasilkan gambar vektor dan bitmap berkualitas tinggi.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Instal Intervene dari sumber

Anda dapat menginstal versi pengembangan dengan menggunakan git dari GitHub atau Bitbucket.

Instal versi pengembangan dari Bitbucket

Jika Anda sudah menginstal git, gunakan ini:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Instal versi pengembangan dari GitHub

Jika Anda sudah menginstal git, gunakan ini:

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Cara menggunakan Intervensi

Setelah Anda menginstal Intervene, Anda dapat mengetik:

intervene --help

Ini akan menampilkan pesan bantuan berikut.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

untuk melihat bantuan ketiga subperintah pairwise , venn dan upset ketik :

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Jalankan Intervensi pada data pengujian

Untuk menjalankan Intervene menggunakan data contoh, gunakan perintah berikut. Untuk mengakses data pengujian pastikan Anda memiliki akses sudo atau root .

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Jika Anda telah menginstal Intervene secara lokal dari kode sumber, Anda mungkin mengalami masalah dalam menemukan data pengujian. Anda dapat mengunduh data pengujian di sini https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data dan mengarahkannya menggunakan -i alih-alih --test .

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Ketiga perintah pengujian di atas akan menghasilkan tiga gambar berikut (a, b dan c).

Secara default, hasil Anda akan disimpan di direktori kerja saat ini dengan folder bernama Intervene_results . Jika Anda ingin menyimpan hasilnya di folder tertentu, Anda dapat mengetik:

 campur tangan kesal --test --output ~/path/ke/folder Anda

Aplikasi Mengkilap Interaktif

Aplikasi Intervene Shiny tersedia gratis di https://asntech.shinyapps.io/intervene atau https://intervene.shinyapps.io/intervene

Kode sumber untuk aplikasi Shiny tersedia di https://github.com/asntech/intervene-shiny

Mendukung

Jika Anda memiliki pertanyaan, atau menemukan bug apa pun dalam program ini, silakan kirim pesan kepada kami di azez.khan[at]gmail.com

Kutip Kami

Jika Anda menggunakan Intervene, harap kutip kami: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7