lightdock

1. Sinopsis

LightDock adalah kerangka docking protein-protein, protein-peptida, dan protein-DNA berdasarkan algoritma Glowworm Swarm Optimization (GSO).

Kerangka kerja LightDock sangat serbaguna, dengan banyak pilihan yang dapat dikembangkan lebih lanjut dan dioptimalkan oleh pengguna: dapat menerima fungsi penilaian yang ditentukan pengguna, dapat menggunakan minimalisasi bebas gradien lokal, simulasi dapat dibatasi dari awal hingga fokus pada wilayah interaksi yang ditetapkan pengguna, ini mendukung pengekangan residu di mitra reseptor dan ligan .

2. Referensi

Protokol LightDock dan pembaruan untuk memanfaatkan pengekangan residu telah dipublikasikan di jurnal Oxford Bioinformatics. Silakan kutip referensi berikut jika Anda menggunakan LightDock dalam penelitian Anda:

LightDock: pendekatan multi-skala baru untuk docking protein-protein
Brian Jiménez-García, Jorge Roel-Touris, Miguel Romero-Durana, Miquel Vidal, Daniel Jiménez-González dan Juan Fernández-Recio
Bioinformatika , Volume 34, Edisi 1, 1 Januari 2018, Halaman 49–55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555

LightDock menjadi berbasis informasi
Jorge Roel-Touris, Alexandre MJJ Bonvin, Brian Jiménez-García
Bioinformatika , btz642; doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642

Pemodelan Integratif dari Rakitan Protein Terkait Membran
Jorge Roel-Touris, Brian Jiménez-García & Alexandre MJJ Bonvin
Nat Commun 11 , 6210 (2020); doi: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5

3. Instalasi

Perangkat lunak Lightdock kompatibel dan telah diuji dengan OS berikut:

• macOS : El Capitan, Sierra, Sierra Tinggi, Mojave, Catalina.
• GNU/Linux : Ubuntu 16+, Debian Stretch+, Linux Ilmiah 6+, CentOS 6+.
• 100% kompatibel dengan platform Google Colab

Microsoft Windows tidak didukung secara resmi, meskipun banyak bagian dari protokol yang mungkin dapat dijalankan. Silakan gunakan dengan risiko Anda sendiri. Jika Anda ingin berkontribusi dalam pengujian dan pengembangan LightDock untuk Windows, silakan hubungi kami.

3.1. Ketergantungan

LightDock memiliki dependensi berikut:

• NumPy (http://www.numpy.org/)
• Sains (http://www.scipy.org/)
• Cython (http://cython.org/)
• ProDy (http://prody.csb.pitt.edu/)
• Freesasa (http://freesasa.github.io/)

Dependensi opsional adalah:

• MPI4py (jika Anda berencana menggunakan dukungan MPI, http://pythonhosted.org/mpi4py/)

3.2. Instal LightDock

Cara tercepat untuk menginstal LightDock adalah dengan menggunakan pip :

pip install lightdock

4. Pembangunan

Untuk pengembangan dan perluasan kode LightDock, ikuti petunjuk berikut:

4.1. Klon

Kloning repositori ini:

git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git

4.2. Kompilasi ekstensi Python C dan Cython

Harap pastikan dependensi sudah diinstal (melalui pip, manajer paket, dll.):

• numpy>=1.17.1
• scipy>=1.3.1
• siton>=0.29.13
• produk>=1.10.11
• freesasa>=2.0.3

Disarankan untuk membuat lingkungan virtual dan menginstalnya:

virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .

Jika tidak menggunakan pip atau setuptools untuk pengembangan, ada skrip bash untuk mengkompilasi semua ekstensi:

 cd lightdock
./setup.sh

4.3. Tambahkan Lightdock ke jalur Anda

Tambahkan baris berikut ke file ~/.bashrc Anda, jangan lupa ubah /path/to/lightdock :

 # LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME

Jangan lupa untuk menerapkan perubahan:

 source ~ /.bashrc

4.4. Pengujian

Anda dapat menjalankan tes LightDock:

 cd lightdock
nosetests

5. Dokumentasi

Dokumentasi lengkap tentang cara menjalankan protokol LightDock dan beberapa tutorial serta kasus penggunaan dapat ditemukan di https://lightdock.org/tutorials.

6. Dapatkan Bantuan

LightDock sedang dikembangkan secara aktif dan beberapa masalah mungkin muncul atau Anda mungkin memerlukan bantuan tambahan untuk menjalankan LightDock. Dalam kasus tersebut, ada dua cara utama untuk mendapatkan bantuan:

1. Baca FAQ jika masalah Anda sudah dilaporkan
2. Buka terbitan baru di repositori ini
3. Atau tulis email ke [email protected] (kami akan berusaha sebaik mungkin menjawab pertanyaan Anda sesegera mungkin)

7. LISENSI

LightDock tersedia di bawah Lisensi GPLv3. Lihat dokumen LISENSI untuk lebih jelasnya.