bx python

BX-Python

Proyek BX-Python adalah perpustakaan Python dan serangkaian skrip terkait untuk implementasi cepat analisis skala genom. Perpustakaan berisi berbagai modul yang berguna, tetapi kekuatan khususnya adalah:

• Kelas untuk membaca dan bekerja dengan beberapa perataan lokal skala genome (dalam format MAF, AXT, dan LAV)
• Struktur data generik untuk pengindeksan file disk yang berisi blok data yang terkait dengan interval pada berbagai urutan (digunakan, misalnya, untuk memberikan akses acak ke keberpihakan individu dalam file besar; dioptimalkan untuk digunakan melalui sistem file jaringan)
• Struktur data untuk bekerja dengan interval pada urutan
  • "Bitset Binned" yang bertindak seperti array bit berukuran kromosom, tetapi dengan malas mengalokasikan daerah dan memungkinkan blok besar dari semua set atau semua bit yang tidak disetel untuk disimpan dengan rapi
  • "Intersecter" untuk melakukan tes persimpangan cepat yang melestarikan interval kueri dan target dan anotasi terkait

Persyaratan

Build saat ini membutuhkan liblzo, misalnya sudo apt-get install liblzo2-dev di debian/ubuntu).

Menginstal

Paket dapat diinstal dengan PIP:

pip install bx-python

Ini tersedia di Bioconda (disarankan):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Ini tersedia di Debian dan Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

Atau dapat dibangun dari checkout repositori:

python setup.py install