bsub

Pengirim dan monitor cluster LSF

Ini mengirimkan kode r skrip/r/cangkang ke cluster LSF tanpa meninggalkan R.

Memasang

Langsung dari cran:

install.packages( " bsub " )

Atau dari GitHub:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Dokumentasi

Dokumentasi online tersedia di https://jokergoo.github.io/bsub/.

Kirimkan pekerjaan

Kirim langsung r chunk:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Kirim skrip R:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Kirim Perintah Shell:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Bunuh Pekerjaan:

bkill( job_id )

Ketergantungan pekerjaan

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Lihat info pekerjaan

Lihat Ringkasan Pekerjaan:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Contoh pertanyaan pekerjaan adalah sebagai berikut:

Lihat Log Pekerjaan:

job_log( job_id )

Monitor Pekerjaan Interaktif

monitor()

Tabel Ringkasan Pekerjaan:

Log Pekerjaan:

Diagram Ketergantungan Pekerjaan:

Lisensi

Mit @ zuguang gu