ariba
2.14.7
Identifikasi resistensi antimikroba dengan perakitan
Untuk cara menggunakan Ariba, silakan lihat halaman Ariba Wiki.
Harap dicatat: Saat ini kami tidak memiliki sumber daya untuk memberikan dukungan bagi Ariba - lihat bagian Umpan Balik/Masalah.
Perkenalan
Awal yang cepat
Instalasi
Dependensi yang diperlukan
Menggunakan PIP3
Dari sumber
Buruh pelabuhan
Keganjilan
Debian (pengujian)
Ubuntu
Variabel dependensi dan lingkungan
File sementara
Penggunaan
Lisensi
Umpan balik/masalah
Kutipan
Ariba adalah alat yang mengidentifikasi gen resistensi antibiotik dengan menjalankan rakitan lokal. Ini juga dapat digunakan untuk panggilan MLST.
Input adalah file fasta dari urutan referensi (dapat berupa campuran gen dan urutan nonkode) dan bacaan sekuensing berpasangan. Ariba melaporkan urutan referensi mana yang ditemukan, ditambah informasi terperinci tentang kualitas rakitan dan varian apa pun antara sekuensing bacaan dan urutan referensi.
Dapatkan data referensi, misalnya dari kartu. Lihat GetRef untuk daftar lengkap.
ariba getref ncbi out.ncbi
Siapkan data referensi untuk Ariba:
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
Jalankan rakitan lokal dan varian panggilan:
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
Merangkum data dari beberapa kali:
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
Silakan baca halaman Ariba Wiki untuk instruksi penggunaan lengkap.
Tutorial Jupyter Notebook
Jika Anda mengalami masalah saat menginstal Ariba, silakan hubungi administrator sistem lokal Anda. Jika Anda menemukan bug, Anda dapat mencatatnya di sini.
Versi Python3> = 3.6.0
Versi Bowtie2> = 2.1.0
Versi cd-hit> = 4.6
Versi Mummer> = 3.23
Ariba juga tergantung pada beberapa paket Python, yang semuanya tersedia melalui PIP. Menginstal Ariba dengan PIP3 akan mendapatkan ini secara otomatis jika belum diinstal:
dendropy> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
PyfastAQ> = 3.12.0
pysam> = 0.9.1
Pymummer> = 0.10.1
Biopython
Instal Ariba Menggunakan Pip:
pip3 install ariba
Unduh rilis terbaru dari repositori github ini atau klon. Jalankan tes:
python3 setup.py test
Catatan untuk OS X: Tes memerlukan Gawk yang perlu dipasang secara terpisah, misalnya melalui homebrew.
Jika semua tes lulus, instal:
python3 setup.py install
Atau, instal langsung dari GitHub menggunakan:
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
Ariba dapat dijalankan dalam wadah Docker. Instal Docker Pertama, lalu instal versi terbaru Ariba:
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
Semua gambar Docker tercantum di halaman Paket.
Untuk menggunakan ariba gunakan perintah seperti ini (menggantikan di direktori Anda), di mana file Anda diasumsikan disimpan di/home/ubuntu/data:
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
Saat menelepon Ariba melalui Docker (seperti di atas) Anda juga perlu menambah /data / di depan semua nama file atau direktori yang disahkan (misalnya /data /my_output_folder).
Ariba dapat dijalankan dalam wadah singularitas. Pertama -tama pasang singularitas. Rilis termasuk gambar singularitas untuk diunduh.
Atau, bangun gambar singularitas Anda sendiri:
singularity build ariba.simg Singularity.def
Ariba tersedia dalam versi terbaru Debian, dan dari waktu ke waktu akan secara progresif menyaring ke Ubuntu dan distribusi lainnya yang menggunakan Debian. Untuk menginstalnya sebagai root:
sudo apt-get install ariba
Anda dapat menggunakan apt-get (lihat di atas), atau untuk memastikan Anda mendapatkan versi Ariba terbaru, perintah berikut dapat digunakan untuk menginstal Ariba dan ketergantungannya. Ini diuji pada contoh baru Ubuntu 16.04.
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
Secara default, Ariba akan mencari dependensi di $PATH Anda, menggunakan nama -nama di tabel di bawah ini. Perilaku ini dapat diganti dan menunjuk Ariba ke program tertentu menggunakan variabel lingkungan. Variabel lingkungan diperiksa terlebih dahulu dan digunakan jika diatur. Kalau tidak, Ariba terlihat di $PATH Anda untuk nama default. Ini berlaku untuk dependensi berikut.
| Ketergantungan | Default dapat dieksekusi | Nama Variabel Lingkungan |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| Cd-hit (EST) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
Misalnya, Anda dapat menentukan versi yang tepat dari Bowtie2 yang dapat Anda kompilasi dan diunduh di direktori home Anda (dengan asumsi bash):
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
Perhatikan bahwa Ariba juga menjalankan bowtie2-build , yang menggunakan bowtie2 yang dapat dieksekusi dengan -build ditambahkan. Jadi dalam hal ini akan mencoba menggunakan
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
Ariba sementara dapat membuat sejumlah besar file saat berjalan, yang dimasukkan ke dalam direktori sementara yang dibuat oleh Ariba. Ukuran total file ini kecil, tetapi mungkin ada banyak dari mereka. Ini bisa menjadi masalah saat menjalankan jumlah besar (100s atau 1000 -an) pekerjaan secara bersamaan pada sistem file yang sama. Direktori induk dari direktori sementara ditentukan dalam urutan prioritas berikut:
Nilai opsi --tmp_dir (jika opsi itu digunakan)
Variabel lingkungan $ARIBA_TMPDIR (jika disetel)
Variabel lingkungan $TMPDIR (jika diatur)
Jika tidak ada di atas yang ditemukan, maka gunakan direktori output run.
Setiap direktori sementara adalah unik untuk satu menjalankan Ariba, dan secara otomatis dihapus pada akhir pelarian (bahkan jika Ariba terbunuh oleh pengguna atau macet). Misalnya,
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
akan menghasilkan pembuatan direktori baru di dalam /tmp , yang akan memiliki nama formulir
/tmp/ariba.tmp.abcdef
Di mana sufiks abcdef adalah string acak karakter, dipilih sedemikian rupa sehingga /tmp/ariba.tmp.abcdef belum ada.
Pengecualian untuk hal di atas adalah jika opsi --noclean digunakan. Ini memaksa direktori sementara ditempatkan di direktori output, dan file sementara disimpan. Ini dimaksudkan untuk debugging.
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
Silakan baca halaman Ariba Wiki untuk instruksi penggunaan lengkap.
Ariba adalah perangkat lunak gratis, dilisensikan di bawah GPLV3.
Kami saat ini tidak memiliki sumber daya untuk memberikan dukungan bagi Ariba. Namun, masyarakat mungkin dapat membantu Anda jika Anda melaporkan masalah apa pun tentang penggunaan perangkat lunak ke halaman masalah.
Jika Anda menggunakan perangkat lunak ini, silakan kutip:
Ariba: Genotip resistensi antimikroba yang cepat langsung dari sekuensing membaca Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR. Genomik Mikroba 2017. DOI: 110.1099/mgen.0.000131
