proABC 2 ダウンロード - proABC 2 ソースコードのダウンロード

プロABC 2

その他のソースコード

v0.1.2

ダウンロード

プロABC-2

畳み込みニューラルネットワーク (CNN) を使用して、抗原と接触する抗体残基と相互作用の種類を予測します。

インストール

proABC-2 は、Python パッケージとしても Docker コンテナとしてもローカルで利用できます。それぞれの場合については、以下の手順を参照してください。

ドッカー

Docker イメージは Github Container Registry で入手でき、次のコマンドを使用して取得できます。

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

地元

proABC-2 には、ソフトウェアを実行する前にインストールする必要があるサードパーティの依存関係がいくつかあります。

proABC-2 は PyPI で利用でき、Python3.7 を使用して pip を使用してインストールできます。

 pip install proabc-2

また、HMMER と IGBLAST という 2 つのサードパーティソフトウェアにも依存します。詳細については、サードパーティのセクションを確認してください。

例 (ローカルおよび Docker)

例を実行するためにデータを設定します。

ルートディレクトリにproabc2-predictionという名前のフォルダーを作成します。

mkdir proabc2-prediction

proabc2-prediction内に次の内容の重い fasta ファイルと軽い fasta ファイルを作成します。

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

実行(Docker)

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

実行(ローカル)

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

結果

出力は入力ファイルと同じフォルダーにあり、 heavy-pred.csvおよびlight-pred.csvという名前が付けられます。

それらはいくつかの列で構成されます。

Chothia : Chothia 番号付けスキームに従った残基の位置
シーケンス: 各位置の残基タイプ
pt : 抗原と一般的な相互作用を起こす確率
hb : 抗原と水素結合を作る確率
hy : 抗原と疎水性相互作用を起こす確率

チョティア	順序	ポイント	HB	こんにちは。
1	E	0.23	0.17	0.24
2	V	0.23	0.15	0.23
3	Q	0.14	0.14	0.16
...	...	...	...	...

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

proABC-2 は抗体鎖の DNA 配列も受け入れ、タンパク質配列への翻訳にBiopython Seq モジュールを使用します。