バットギャップ

コーエンら。 、コウモリコロナウイルスのサンプリング戦略とパンデミック前の監視ギャップ

このリポジトリには、コウモリ コロナウイルス データのすべての分析を再現するためのデータとコードが含まれています。簡略化されたフィールドを含むこのデータセットの公開バージョンは、datacov リポジトリで入手できます。

 DIRECTORY

data.csv - the basic dataset

01_data processing
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├─ code_to_generate_data.csv.R - creates data.csv using three other files in the directory
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| # components of raw data that go into data.csv
├─ raw-airtable-preprocessing.csv - uncleaned data
├─ MamPhy_...._target.tre - phylogenetic tree for processing
└─ taxonomy_mamPhy_5911species.csv - mammal taxonomy metadata

02_dissolve data
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├─ script_to_generate_datasets_for_analyses.R - breaks down data.csv into smaller files for sub-analyses
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| # These are used for prevalence analyses in code_for_meta-analysis_models.R
├─ set_infection_prevalence.csv  - all coronavirus records
├─ set_infection_prevalence_alphaonly.csv  - alphacoronavirus only
├─ set_infection_prevalence_betaonly.csv -  betacoronavirus only
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| # These are used in geophylo analysis.R and descriptive stats not dependent on proportion positive
├─ set_other.csv  - all coronavirus records
├─ set_other_alphaonly.csv - alphacoronavirus only
└─ set_other_betaonly.csv -  betacoronavirus only 

03_analysis
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├─ code_for_meta-analysis_models.R - runs the meta-analysis
├─ code_for_figure3.R - generates visualizations from the meta-analysis
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├─ geophylo analysis.R - runs phylofactor and generates the maps and tree figures
└─ georegion.csv - geospatial metadata used for regional analyses 

04_outputs
|
| # some additional files that become figures or supplement
├─ Figure 1.png
├─ Figure 2.png
├─ Figure 3.png
├─ Table S3.csv
├─ Table S4.csv
├─ Table S5.csv
├─ Table S8.csv
└─ Table S9.csv