スクムーラン
1.0.0
scMulan_v1 のリポジトリへようこそ。このリポジトリには、今後の研究「scMulan: 単一細胞解析のためのマルチタスク生成の事前トレーニング済み言語モデル」が含まれます。
scMulan は、単一細胞トランスクリプトーム解析のための画期的な基礎モデルです。
特徴：
conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt
ckpt ファイルをダウンロードし、./ckpt/ の下に置きます。
テスト adata ファイルを準備し、scMulan の使用を開始します
セルタイプの注釈に scMulan を使用するチュートリアルを提供しました (チュートリアルを参照)。現在、scMulan は、心臓、肺、肝臓、骨髄、血液、脳、胸腺を含む 7 つの臓器におけるヒト細胞タイプのゼロショット アノテーションをサポートしています。
また、バッチ統合用のセル埋め込みを取得するために使用することもできます (チュートリアルを参照)。 adata を簡単に使用して、scMulan から分析を取得できます。
scMulan は npu での推論をサポートするようになりました。
