nextflow
ersion
헨리 E. 발, 제니퍼 G. 스타이너, 앤드류 S. 타넨바움
Nextflow는 확장 가능하고 이식 가능하며 재현 가능한 워크플로를 만들기 위한 워크플로 시스템입니다. 이는 병렬 및 분산 파이프라인 작성을 크게 단순화하는 데이터 흐름 프로그래밍 모델을 기반으로 하므로 데이터 흐름과 계산에 집중할 수 있습니다. Nextflow는 로컬 머신, HPC 스케줄러, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch 및 Kubernetes를 포함한 다양한 실행 플랫폼에 워크플로를 배포할 수 있습니다. 또한 Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity 등을 포함하여 소프트웨어 종속성을 관리하는 다양한 방법을 지원합니다.
단일 명령으로 Nextflow를 설치합니다.
컬 -fsSL https://get.nextflow.io | 세게 때리다
현재 디렉터리에 nextflow 실행 파일을 생성합니다. 그런 다음 $PATH 의 디렉터리로 이동하여 어디에서나 실행할 수 있습니다.
Nextflow는 Bioconda에서도 설치할 수 있습니다.
conda install -c bioconda nextflow
Nextflow 문서는 최신 안정 및 에지 릴리스에 대해 제공됩니다.
Nextflow 커뮤니티 포럼이나 Nextflow Slack에 질문을 게시하고 도움을 받을 수 있습니다. 버그 및 기능 요청은 GitHub 문제로 보고되어야 합니다.
Nextflow 커뮤니티는 정기적인 커뮤니티 회의, 이벤트, 팟캐스트 등을 통해 매우 활발하게 활동하고 있습니다. Nextflow 및 nf-core YouTube 채널에서 이 자료의 대부분을 볼 수 있습니다.
nf-core 프로젝트는 모든 사람이 사용할 수 있는 고품질 Nextflow 워크플로를 통합하는 커뮤니티 노력입니다.
기여를 환영합니다. 자세한 내용은 CONTRIBUTING 파일을 참조하세요.
Nextflow는 Apache 2.0 라이선스에 따라 출시됩니다. Nextflow는 등록 상표입니다.
작업에 Nextflow를 사용하는 경우 다음을 인용해 주세요.
P. Di Tommaso, et al. Nextflow를 사용하면 재현 가능한 계산 워크플로가 가능합니다. Nature Biotechnology 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow는 두 개의 *훌륭한* 오픈 소스 소프트웨어 프로젝트인 Groovy와 GPars를 기반으로 구축되었습니다.
YourKit은 모든 기능을 갖춘 Java 프로파일러를 통해 Nextflow를 친절하게 지원합니다.
