napari spatialdata

napari-spatialdata: 공간 오믹스 데이터의 대화형 탐색 및 주석

이 저장소에는 SpatialData 개체를 대화형으로 탐색하고 주석을 달기 위한 napari 플러그인이 포함되어 있습니다. 여기서 napari-spatialdata 문서를 찾을 수 있습니다. napari-spatialdata SpatialData 생태계의 일부입니다. SpatialData에 대해 자세히 알아보려면 공간데이터 설명서를 참조하세요.

설치

pip를 통해 napari-spatialdata 설치할 수 있습니다.

pip install napari-spatialdata[all]

all 명령은 qt 바인딩 PyQt5 설치합니다.

이에 대한 자세한 내용은 설치 지침에서 확인할 수 있습니다.

napari-spatialdata를 기본 zarr 리더로 사용

플러그인을 기본 zarr 리더로 사용하려면 napari에서 File -> Preferences -> Plugins 으로 이동하여 File extension readers 아래의 지침을 따르세요.

개발 버전

다음을 사용하여 Github에서 napari-spatialdata 설치할 수 있습니다.

pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata

또는 다음 방법으로 저장소를 복제한 후 편집 가능 모드로 설치할 수도 있습니다.

git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .

참고: napari-spatialdata 의 편집 가능한 설치를 수행하면 spatialdata pip 에서 다시 설치됩니다. 따라서 이전에 spatialdata 의 편집 가능한 설치도 수행한 경우 pip install -e . spatialdata 저장소에 있습니다. 이에 대한 자세한 내용은 설치 지침을 참조하세요.

시작하기

napari-spatialdata 플러그인을 사용하는 방법을 알아보려면 설명서를 참조하세요. napari-spatialdata를 분석 워크플로우에 통합하는 방법을 알아보려면 SpatialData 튜토리얼을 참조하세요. 특히:

• napari로 관심 영역에 주석 달기

• 랜드마크 주석을 사용하여 여러 -omics 레이어 정렬

기여

기여를 매우 환영합니다. 테스트는 tox를 사용하여 실행할 수 있습니다. 풀 요청을 제출하기 전에 적용 범위가 최소한 동일하게 유지되는지 확인하십시오.

특허

BSD-3 라이센스 조건에 따라 배포되는 "napari-spatialdata"는 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다.

문제

문제가 발생하면 자세한 설명과 함께 문제를 제출해 주세요.

소환

Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA et al. SpatialData: 공간 오믹스를 위한 개방형 범용 데이터 프레임워크입니다. Nat 방법 (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x