천랑성
SIRIUS
우리의 방법은 무료로 이용 가능한 자원으로 과학계에 제공됩니다. 상업적인 목적으로 전체 또는 일부 방법을 (재)배포하는 것은 금지되어 있습니다. Böcker 그룹이 호스팅하는 SIRIUS 웹 서비스(CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist 등)는 학술 연구 및 교육 용도로만 사용됩니다. 자세한 내용은 교육용 버전의 서비스 약관을 검토하세요. 교육 기관이 아닌 사용자를 위해 Bright Giant GmbH는 라이센스 및 모든 관련 서비스를 제공합니다. 우리는 도구 사용자에게 결과 출판물에서 해당 논문을 인용하도록 요청합니다.
SIRIUS는 대사산물 및 기타 "생물학적 관심이 있는 작은 분자"의 LC-MS/MS 데이터 분석을 위한 Java 기반 소프트웨어 프레임워크입니다. SIRIUS는 CSI:FingerID(COSMIC 포함), ZODIAC, CANOPUS를 포함한 도구 모음을 통합합니다. 특히 SIRIUS의 그래픽 사용자 인터페이스와 명령줄 버전은 모두 CSI:FingerID, CANOPUS 및 MSNovelist 웹 서비스를 완벽하게 통합합니다.
SIRIUS의 주요 개발자는 Böcker 그룹과 Bright Giant GmbH입니다.
온라인 문서
비디오 튜토리얼
SIRIUS 4 사용에 관한 책자(사전 인쇄) - 새로운 LC-MS/MS 처리 옵션은 다루지 않습니다.
데모 데이터
출판물 및 프리젠테이션용 로고
Windows용(64비트): msi / zip
Mac(64비트): pkg / zip
Linux(64비트)의 경우: zip
모든(이전 포함) 릴리스는 여기에서 찾을 수 있습니다.
Windows 및 MacOS의 경우 SIRIUS 설치 프로그램 버전(msi/pkg)이 선호되지만 관리자 권한이 필요할 수 있습니다.
우리는 인증을 위해 Microsoft/Apple에 비용을 지불하지 않기 때문에 Böcker 그룹에서 제공하는 설치 프로그램을 사용할 때 Windows/MacOS에서 "알 수 없는 소스의 소프트웨어"를 신뢰할 것인지 확인해야 할 수도 있습니다. 따라서 Bright Giant(위 링크 참조)에서 제공하는 서명된 설치 프로그램을 사용하는 것이 좋습니다. 이러한 설치 프로그램은 해당 OS의 보안 문제를 전혀(또는 덜) 유발하여 설치 프로세스를 용이하게 합니다.
자세한 내용은 설명서를 참조하세요.
사용자 계정은 SIRIUS GUI를 통해 직접 생성할 수 있습니다. 기관 이메일 주소를 사용하세요. SIRIUS 웹 서비스는 학술/비상업적 용도로 무료로 제공됩니다. 일반적으로 교육 기관은 이메일 도메인으로 식별되며 액세스 권한이 자동으로 부여됩니다. 어떤 경우에는 학문적/비상업적 성격에 대한 추가 검증이 필요할 수 있습니다. SIRIUS 문서 - 계정 및 라이선스도 참조하세요.
천랑성
SIRIUS-API 자바 SDK
SIRIUS-API SDK
뉴스를 보거나 도움을 받거나 질문을 하려면 Gitter 커뮤니티 #sirius-ms:gitter.im 에 가입하세요.
버그 보고서나 기능 요청은 GitHub의 문제를 사용하세요. 또는 이 주제에 대한 자세한 내용은 설명서를 확인하세요.
조각화 트리와 스펙트럼은 SIRIUS에서 CSI:FingerID, CANOPUS 및 MSNovelist 웹 서비스로 직접 업로드할 수 있습니다. 결과는 웹 서비스에서 검색되며 SIRIUS 그래픽 사용자 인터페이스에 표시될 수 있습니다. 이 기능은 SIRIUS 명령줄 도구에서도 사용할 수 있습니다. CSI:FingerID 예측자에 대한 교육 구조는 CSI:FingerID 웹 API를 통해 사용할 수 있습니다.
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (양이온 모드에 대한 훈련 구조)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (음이온 모드를 위한 훈련 구조)
직렬 질량 스펙트럼을 수동으로 해석하는 것은 시간이 많이 걸리고 간단하지 않습니다. SIRIUS는 단편화 패턴을 분석하여 가상 단편화 트리를 생성합니다. 여기서 노드에는 단편의 분자식으로 주석이 추가되고 호(가장자리)는 단편화 이벤트(손실)를 나타냅니다. SIRIUS를 사용하면 화합물 구조나 질량 스펙트럼 데이터베이스 없이도 원소 조성을 넘어서는 소형 화합물 MS 데이터에 대한 자동화된 고처리량 분석이 가능합니다.
SIRIUS는 고해상도 질량 스펙트럼에서 동위원소 패턴의 순위를 매겨 작은 화합물의 분자식을 추론합니다. 전처리 후 질량 분석기의 출력은 샘플 분자의 질량과 그 풍부함에 해당하는 피크 목록입니다. 원칙적으로 작은 분자의 원소 조성은 정확한 질량만을 사용하여 식별할 수 있습니다. 그러나 매우 높은 질량 정확도에도 불구하고 더 높은 질량 영역에서 많은 공식이 얻어집니다. 고분해능 질량 분석법을 사용하면 샘플 분자의 동위원소 패턴을 뛰어난 정확도로 결정하고 이 정보를 적용하여 샘플 분자의 원소 조성을 식별할 수 있습니다. SIRIUS는 그래픽 사용자 인터페이스(Sirius GUI 참조) 또는 명령줄 도구로 다운로드할 수 있습니다.
Kai Dührkop, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Alexander A. Aksenov, Alexey V. Melnik, Marvin Meusel, Pieter C. Dorrestein, Juho Rousu 및 Sebastian Böcker. SIRIUS 4: 직렬 질량 스펙트럼을 대사체 구조 정보로 전환합니다. 자연 방법 16, 299-302, 2019.
Michael A. Stravs 및 Kai Dührkop, Sebastian Böcker 및 Nicola Zamboni. MSNovelist: 질량 스펙트럼으로부터 새로운 구조 생성. Nature Methods 19, 865–870, 2022. (사용하는 경우 인용: MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop 및 Sebastian Böcker. 스펙트럼 라이브러리에 없는 대사산물에 대한 신뢰성 높은 구조 주석. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (사용하는 경우 인용: CSI:FingerID , COSMIC )
Kai Dührkop, Louis-Félix Nothias, Markus Fleischauer, Raphael Reher, Marcus Ludwig, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, William H. Gerwick, Juho Rousu, Pieter C. Dorrestein 및 Sebastian Böcker. 고해상도 단편화 질량 스펙트럼을 사용하여 알려지지 않은 대사산물을 체계적으로 분류합니다. Nature Biotechnology , 2020. ( CANOPUS를 사용하는 경우 인용)
Yannick Djoumbou Feunang, Roman Eisner, Craig Knox, Leonid Chepelev, Janna Hastings, Gareth Owen, Eoin Fahy, Christoph Steinbeck, Shankar Subramanian, Evan Bolton, Russell Greiner, David S. Wishart. ClassyFire: 포괄적이고 계산 가능한 분류를 사용한 자동화된 화학 물질 분류입니다. Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016. ( ClassyFire 출판물, CANOPUS를 사용하는 경우 이를 인용하십시오)
Marcus Ludwig, Louis-Félix Nothias, Kai Dührkop, Irina Koester, Markus Fleischauer, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, Fernando Vargas, Mustafa Morsy, Lihini Aluwihare, Pieter C. Dorrestein, Sebastian Böcker. ZODIAC을 통한 Gibbs 샘플링을 사용한 데이터베이스 독립적 분자식 주석입니다. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. ( ZODIAC을 사용하는 경우 인용)
카이 뒤르코프(Kai Dührkop)와 세바스티안 뵈커(Sebastian Böcker). 조각화 트리가 다시 로드되었습니다. Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. ( 조각화 패턴 분석 및 조각화 트리 계산을 위해 인용)
Kai Dührkop, Huibin Shen, Marvin Meusel, Juho Rousu 및 Sebastian Böcker. CSI:FingerID를 사용하여 직렬 질량 스펙트럼으로 분자 구조 데이터베이스를 검색합니다. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. ( CSI:FingerID 사용 시 이를 인용)
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták 및 Anton Pervukhin. SIRIUS: 대사산물 식별을 위한 동위원소 패턴 분해. Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009. ( 동위원소 패턴 분석을 위해 인용)
Shipei Xing, Sam Shen, Banghua Xu, Xiaoxiao Li 및 Tao Huan. BUDDY: 상향식 MS/MS 조사를 통한 분자식 발견. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (사용하는 경우 인용: 상향식 분자식 생성)
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하이노넨, M.; 센, H.; 잠보니, N.; Rousu, J. 기계 학습을 통한 대사물질 식별 및 분자 지문 예측. 생물정보학 , 2012. Vol. 28, nro 18, pp. 2333-2341. (탠덤 MS 데이터로부터 분자 지문을 예측하는 아이디어 소개)
Florian Rasche, Aleš Svatoš, Ravi Kumar Maddula, Christoph Böttcher 및 Sebastian Böcker. 직렬 질량 분석 데이터로부터 단편화 트리를 계산합니다. 분석화학 (2011) 83(4): 1243-1251. (SIRIUS에서 사용하는 조각화 트리 소개를 위해 이것을 인용)
세바스티안 뵈커(Sebastian Böcker)와 플로리안 라셰(Florian Rasche). 직렬 질량 스펙트럼을 분석하여 대사산물의 새로운 식별을 지향합니다. 생물정보학 (2008) 24(16): i49-i55. (SIRIUS가 사용하는 단편화 트리를 언급한 최초의 논문 )
버전 4.4.27부터 SIRIUS는 GNU Affero General Public License(GPL)에 따라 라이센스가 부여됩니다. SIRIUS를 다른 소프트웨어에 통합하는 경우 SIRIUS의 사용과 인용 문헌을 사용자에게 투명하게 공개할 것을 강력히 권장합니다.
