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Muscle은 생물학적 서열의 다중 정렬을 만들기 위해 널리 사용되는 소프트웨어입니다.

Muscle은 Balibase, Bralibase 및 Balifam 벤치마크 테스트에서 가장 높은 점수를 획득했으며 상용 데스크톱 컴퓨터에서 수천 개의 시퀀스 또는 구조로 확장됩니다.

Muscle은 기본 매개변수를 사용하여 얻은 것과 동일한 높은 정확도로 대체 정렬의 앙상블 생성을 지원합니다. 생물학자는 나무와 같은 다양한 정렬의 다운스트림 예측을 비교함으로써 모호함과 오류로 인한 정렬 변화에 대한 결론의 견고성을 평가할 수 있습니다.

다중 구조 정렬

구조 정렬("Muscle-3D")은 기존 아미노산 서열 정렬뿐만 아니라 지원됩니다. 구조 정렬을 위한 입력은 reseek (https://github.com/rcedgar/reseek)의 pdb2mega 명령으로 생성된 "메가" 파일입니다.

 # 최대 100개의 구조에 대해
reseek -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega
근육 -align structs.mega -output structs.afa

# 최대 10,000개의 구조물
reseek -STRUCTS 변환 -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -output structs.distmx
근육 -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

다운로드 및 설치

바이너리 파일은 독립적이며 종속성이 없습니다. 설치하려면 바이너리를 다운로드하고 실행 비트가 설정되어 있는지 확인하세요.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

선적 서류 비치

머슬 v5 홈페이지
수동

소스에서 근육 만들기

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

참고자료

Edgar RC., Muscle5: 고정밀 정렬 앙상블을 통해 서열 상동성과 계통발생에 대한 편견 없는 평가가 가능합니다. 네이처 커뮤니케이션즈 13.1(2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

에드가 RC. 및 Tolstoy I., Muscle-3D: 확장 가능한 다중 단백질 구조 정렬(2024) BioRxiv .