EasyAmplicon 다운로드 - EasyAmplicon 소스 코드 다운로드

EasyAmplicon

기타 소스코드

다운로드

EasyAmplicon

(中文版见) README_cn.md의 중국어 버전

EasyAmplicon: 미생물군집 연구에서 앰플리콘 데이터 분석을 위한 사용하기 쉽고, 재현 가능한 오픈 소스, 커뮤니티 기반 파이프라인

버전 : v1.21

업데이트：2024/08/05

파이프라인 매뉴얼 및 파일 설명

RStudio를 사용하여 중국어(pipeline.sh) 및 영어(pipeline_en.sh)로 제공되는 파이프라인 열기

파일 설명:

Readme.md # 소개 및 설치
파이프라인.sh # Windows 및 Linux용 명령줄 분석(중국어와 영어로 제공됨)
Pipeline_mac.sh # MacOS용 명령줄 분석
result/ # 결과 데이터 예시
result/Diversity.Rmd # R의 대화형 다양성 분석 및 HTML 형식의 재현 가능한 보고서 출력

우리는 무엇을 할 수 있나요?

특히 16S rDNA 앰플리콘에 대한 미생물군집 데이터 분석 및 시각화
원시 데이터에서 기능 테이블로;
20개 이상의 분석 방법과 게시 가능한 시각화를 지원합니다.
짧은 시간(약 3시간)에 노트북에서 프로젝트를 완료하세요.
중국어/영어로 된 지원 자료 매뉴얼 및 비디오.

그림 1. 페어드 엔드 앰플리콘 서열 분석을 위한 EasyAmplicon의 파이프라인.

그림 2. 출판 품질 시각화의 예.

그림 3. 그림 2에 대한 출판 품질 시각화의 추가 예.

그림 4. EasyAmplicon의 중간 파일을 사용하여 타사 소프트웨어로 생성된 시각화.

설치하다

종속성 설치

모든 소프트웨어 백업은 다음에서 찾을 수 있습니다.

FTP: Filezilla가 익명으로 FTP download.nmdc.cn을 방문합니다. 도구 디렉토리에서는 amplicon 및 mac, win 등을 지원하는 다양한 시스템의 모든 소프트웨어와 패키지를 찾을 수 있습니다.
바이두 넷 디스크: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

귀하의 시스템(Win/Mac/Linux)에 따라 종속 소프트웨어를 설치하십시오.

R 스크립트 https://www.r-project.org/를 실행하려면 R 4.xx가 권장됩니다. 또한 소스 코드 패키지에는 Rtools를 설치하는 것이 좋습니다.
RStudio 2023.xx.x는 R https://posit.co/download/rstudio-desktop/용 통합 개발 환경입니다.
STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
Windows용 Git 2.xx.x(Windows 전용) http://gitforwindows.org/
R 패키지 빠른 설치

통계 및 시각화에는 500개 이상의 R 패키지가 필요할 수 있습니다. 설치에는 시간이 많이 걸리며 다른 컴파일 도구에 의존할 수도 있습니다. https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip 또는 db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip에서 필요한 모든 R 패키지를 다운로드한 다음 압축을 풀고 가져올 수 있습니다. 4.x 폴더 C:Users[$사용자 이름]AppDataLocalRwin-library

EasyAmplicon 설치

방법 1. GitHub 홈페이지 방문, 코드 - 다운로드
EasyAmplicon 파이프라인(양성 제어) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon
EasyMicrobiome에는 스크립트와 데이터베이스가 포함되어 있습니다 https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

C: 또는 D:에서 프로젝트를 다운로드한 다음 압축을 풉니다(디렉토리 이름은 소프트웨어 이름과 정확히 일치하도록 유지).

방법 2. BaiduNetDisk의 미러 사이트에서 다운로드: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz 또는 EasyMicrobiome.tar.gz
방법 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon 및 git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . 참고: fatal: unable to access 다시 시도할 수 있습니다.

빠른 시작

Windows 10 이상을 예로 사용하면 다음과 같습니다.

RStudio를 열고 터미널을 Git Bash로 설정합니다(도구 - 전역 옵션 - 터미널 - 새 터미널 - Git Bash - 확인).
파일 - 파일 열기 - EasyAmplicon 폴더 - 파이프라인.sh(windows/linux) 또는 파이프라인_mac.sh(mac)
work directory (wd), EasyMicrobiome directory (db)를 설정한 후 오른쪽 상단의 실행을 클릭하여 각 줄을 실행합니다.

예시 데이터 세트

seq/ # 압축된 fastq 형식의 원시 시퀀싱, 백업은 GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/에서 메타데이터로 다운로드할 수 있습니다.
result/ # 알파, 베타, 세금 등 표준 파이프라인에 대한 예제 데이터 및 수치
Advanced/ # 데이터, 스크립트 및 출력 수치가 포함된 고급 분석의 예

FAQ

파이프라인.sh에 대해 자주 묻는 질문(FAQ)

참고: 모든 .sh 스크립트는 더 나은 읽기 환경을 위해 Youdao Note 또는 VSCode를 사용하여 마크다운 형식으로 작성되었습니다.

소환

이 스크립트를 사용하는 경우 다음을 인용해 주세요.

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon: 미생물군집 연구에서 앰플리콘 데이터 분석을 위한 사용하기 쉽고, 재현 가능한 오픈 소스, 커뮤니티 기반 파이프라인입니다. iMeta 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

확장하다

추가 정보