아치R
Release_1.0.2
scATAC-seq 및 scRNA-seq 분석 쌍
ArchR은 이제 쌍을 이루는 scATAC-seq 및 scRNA-seq 분석을 지원합니다!
importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims를 통한 업데이트 보기
이러한 기능에 대한 간략한 튜토리얼: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
궤적 분석
이제 ArchR은 monocle3 및 Slingshot 기반 궤적 분석을 모두 직접 지원합니다!
getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories로 업데이트 보기
이러한 기능에 대한 간략한 튜토리얼: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
또한 ArchR에서는 이제 STREAM과 호환되는 피크 매트릭스를 내보낼 수 있습니다!
importPeakMatrixForSTREAM 업데이트 보기
ArchR은 단일 셀 ATAC-seq 데이터를 처리하고 분석하기 위한 모든 기능을 갖춘 R 패키지입니다. ArchR은 사용 가능한 모든 소프트웨어 중 가장 광범위한 scATAC-seq 분석 도구 제품군을 제공합니다. 또한 ArchR은 속도와 리소스 사용량 모두에서 뛰어나 MacBook Pro 노트북에서 8시간 안에 100만 개의 셀을 분석할 수 있습니다.
설치 전체 과정과 자주 관련된 문제를 보려면 www.ArchRProject.com을 방문하세요.
먼저, 아직 설치되지 않은 경우 devtools(GitHub 패키지 설치용)를 설치합니다.
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )그런 다음 아직 설치되지 않은 경우 BiocManager(바이오컨덕터 패키지 설치용)를 설치합니다.
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )그런 다음 ArchR을 설치합니다.
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())마지막으로 기본적으로 설치되지 않는 모든 ArchR 종속성을 설치합니다.
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()이러한 단계 중 하나라도 실패하면 계속 진행하기 전에 문제가 되는 패키지를 식별하고 해당 개별 설치 문제를 해결해야 합니다. 또한 설치 문제 해결 팁이 있는 ArchR 웹사이트(www.ArchRProject.com)를 참조하세요.
ArchR은 현재 베타 버전입니다. 우리는 도로에 충돌이 있을 것으로 예상합니다. 버그를 발견했다고 생각되면 먼저 다음을 통해 최신 버전의 ArchR을 설치하십시오.
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())그래도 문제가 해결되지 않으면 Github에 버그 보고서 양식을 사용하여 문제를 보고해 주세요.
ArchR 사용법에 대해 질문이 있는 경우 검색 가능한 전체 사용자 매뉴얼, FAQ 섹션 및 출판물을 참조하십시오. 이 웹사이트나 함수 주석의 문서가 불분명하다고 생각되면 문서 요청 양식을 사용하여 Github에 문제를 제출하세요. ArchR에 없다고 생각되는 기능이 있고 사용자 매뉴얼을 이미 검색한 경우 에는 기능 요청 양식을 사용하여 Github에 문제를 제출하세요. 이러한 옵션 중 어느 것도 도움이 되지 않으면 이메일을 보내주세요. 문서에 달리 답변되지 않은 질문에 대해서는 최선을 다해 답변해 드리겠습니다.
