NCBI에서 유기체의 사용 가능한 모든 게놈의 메타데이터를 수동으로 다운로드하는 방법

NCBI에서 유기체의 사용 가능한 모든 게놈의 메타데이터를 수동으로 다운로드하는 방법은 무엇입니까?

저자: Asad Prodhan 박사 https://asadprodhan.github.io/

1단계: NCBI 데이터베이스에서 유기체 검색

• NCBI 웹사이트(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)로 이동하세요.

• 그림 1의 빨간색 직사각형 상자에서 Fusarium에 대해 표시된 대로 유기체를 검색하십시오.

• 검색 결과는 다양한 카테고리에 표시됩니다(그림 1).

• 그림 1의 빨간색 육각형으로 표시된 Genomes 데이터베이스를 클릭합니다.

그림 1: NCBI 데이터베이스에서 유기체를 검색하세요.

2단계: 관심 있는 메타데이터 선택

• 그림 2와 같은 내용이 표시됩니다.

• 그림 2의 빨간색 원으로 표시된 조립 상자를 선택합니다.

• 그림 2의 빨간색 직사각형으로 표시된 대로 열 선택 탭을 클릭합니다.

그림 2: 관심 있는 메타데이터를 선택합니다.

• 관심 있는 메타데이터를 선택하고 적용하세요(그림 3).

그림 3: 사용 가능한 메타데이터.

3단계: 메타데이터 다운로드

• 그림 4의 빨간색 원으로 표시된 다운로드 탭을 클릭합니다.

• 드롭다운 메뉴에서 테이블 다운로드를 선택하세요.

• 탭으로 구분된 값(TSV) 형식 선택

• 다운로드를 클릭하세요

그림 4: 메타데이터 다운로드.

3단계: TSV 파일을 Excel 시트로 변환

• 메타데이터가 포함된 TSV 파일이 다운로드됩니다.

• 그림 5와 같이 TSV 파일을 엑셀에서 열 수 있습니다.

그림 5: 메타데이터 시트.

이제 Fusarium의 사용 가능한 모든 게놈 서열의 메타데이터가 포함된 Excel 시트가 생겼습니다.

이러한 정보를 분류하고 다운로드할 어셈블리 번호를 짧게 나열할 수 있습니다.

게놈 서열을 자동으로 다운로드하는 방법에 대한 이 튜토리얼을 참조하십시오.

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically