partis

파티

Partis는 B세포 및 T세포 수용체 서열 주석, 시뮬레이션, 클론 계열 및 생식계열 추론, 친화도 예측을 위한 HMM 기반 프레임워크입니다. 이는 Ham HMM 컴파일러와 Smith-Waterman 주석 도구의 ig-sw 세트 위에 구축되었습니다. Partis는 GPL v3에 따른 무료 소프트웨어입니다.

다양한 구성 요소는 다음 문서에 설명되어 있습니다. 서로 매우 다른 작업을 수행하므로 사용 중인 구성 요소를 설명하는 특정 문서를 인용하는 것이 가장 좋습니다.

• 쌍을 이루는 클러스터링 Ralph, DK 및 Matsen IV, FA(2022). 중쇄/경쇄 쌍 정보를 이용한 B 세포 클론군 추론. PLoS 전산 생물학, 18(11), e1010723.
• 선택 지표 Ralph, DK, & Matsen IV, FA(2020). B 세포 수용체 계통 구조를 사용하여 친화도를 예측합니다. PLoS 전산 생물학, 16(11), e1008391.
• 생식계열 추론 Ralph, DK, & Matsen IV, FA(2019). 샘플당 면역글로불린 생식계열 추론 [...]. PLoS 전산 생물학, 15(7), e1007133.
• 클론 계열 추론 Ralph, DK, & Matsen IV, FA(2016). B 세포 클론 계열의 가능성 기반 추론. PLoS 전산 생물학, 12(10), e1005086.
• HMM 프레임워크 및 BCR 주석 Ralph, DK, & Matsen IV, FA(2016). [...]의 일관성은 정확한 B 세포 수용체 서열 주석을 가능하게 합니다. PLoS 전산 생물학, 12(1), e1004409.

설명서를 읽기 시작하는 가장 좋은 곳은 빠른 시작이나 목차입니다. 여기에 문서화되지 않은 많은 옵션에 대한 세부 정보는 각 하위 명령의 도움말(예: partis cache-parameters --help 또는 partis simulate --help 실행하여 확인할 수 있습니다.

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