ldsc corrplot rg

LDSC 유전적 상관관계 결과의 상관관계

개요

이 레포는 이변량 LD 점수 회귀 결과(Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018)를 기반으로 유전 상관 상관 corrplot (그림 2)를 재현하는 스크립트를 제공합니다.

요구사항

• R에는 dplyr 및 수정된 corrplot 버전(mkanai/corrplot)이 포함되어 있습니다.

install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

유전적 상관관계 플롯(그림 2)

우리는 이변량 LD 점수 회귀를 통해 추정된 쌍별 유전 상관 관계를 시각화하기 위해 corrplot을 수정했습니다. 더 큰 사각형은 더 중요한 FDR에 해당합니다( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ). 유의한 상관관계(FDR < 0.05)는 별표( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') )로 표시됩니다.

용법

Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

입력: 유전적 상관관계( input_rg.txt )

이 파일은 ldsc 소프트웨어를 통해 추정된 모든 쌍별 유전 상관 관계 목록을 제공합니다. 스크립트는 모든 행이 고유할 것으로 예상합니다( 즉, 각 특성 쌍당 하나의 행). 필수 입력란은 다음과 같습니다.

• p1_category : 특성 1의 특성 범주

• p1 : 특성 1

• p2_category : 특성 2의 특성 범주

• p2 : 특성 2

• rg : 유전적 상관관계

• p : P-값

• q : FDR q-값

입력: 특성 목록( traitlist.txt )

이 파일은 특성 및 해당 범주 목록을 제공합니다. 그림의 각 카테고리에 대한 색상을 정의합니다. 필수 입력란은 다음과 같습니다.

• CATEGORY : 특성 카테고리

• TRAIT : 특성 이름

• COLOR : 카테고리 색상

산출

예제 출력은 아래와 같습니다. 게시된 그림을 얻기 위해 Adobe Illustrator를 사용하여 PDF 출력을 편집했습니다.

소환

원래 corrplot 패키지:

• 타이윤 웨이와 빌리암 심코. R 패키지 "corrplot": 상관 행렬 시각화(버전 0.85). (2018) https://github.com/taiyun/corrplot에서 확인 가능.

예제 데이터 및 게시된 그림:

• Kanai, M., et al . 일본 인구의 정량적 특성에 대한 유전적 분석은 세포 유형을 복잡한 인간 질병과 연관시킵니다. Nat. 그 가죽. 50 , 390-400(2018). doi:10.1038/s41588-018-0047-6

연락하다

카나이 마사히로([email protected])

http://mkanai.github.io/

모래밭

• JENGER (연구실 웹사이트)

• BioBank 일본 프로젝트

• RIKEN 통합 의료 과학 센터

• 국립생명과학데이터베이스센터 인간데이터베이스

• 잘못된 플롯

• ldsc