emmaa

엠마

EMMAA는 자동 분석 기능을 갖춘 기계 유지 모델 생태계입니다. 사용자가 EMMAA와 상호 작용할 수 있는 기본 방법은 여기에서 액세스할 수 있는 EMMAA 대시보드를 사용하는 것입니다.

선적 서류 비치

EMMA에 대한 자세한 문서를 보려면 http://emmaa.readthedocs.io를 방문하세요. 설명서에는 세 가지 주요 섹션이 포함되어 있습니다.

• EMMAA 아키텍처 및 접근 방식에 대한 개념적 설명
• EMMAA 대시보드 소개
• Github의 소스 코드에 직접 연결된 EMMAA의 모든 코드 베이스에 대한 모듈 수준 문서

개념

EMMAA의 주요 아이디어는 자동화된 기계 판독, 지식 조립 및 모델 생성을 사용하여 최신 상태로 유지되는 일련의 계산 모델을 만드는 것입니다. 각 모델은 일련의 알려진 메커니즘을 통해 연결된 관련 개념의 사전 네트워크로 시작됩니다. 이 메커니즘 세트는 매일 문헌이나 기타 정보 소스를 읽고, 새로운 정보가 기존 모델과 어떻게 관련되어 있는지 파악한 다음, 새로운 정보로 모델을 업데이트함으로써 확장됩니다.

각 모델의 범위에 속하는 관련 쿼리를 모델의 구조적 및 동적 분석 절차에 자동으로 매핑할 수 있는 자동 분석에도 모델을 사용할 수 있습니다. 이를 통해 분석 결과에 의미 있는 변화를 가져오는 모델의 변경 사항을 인식하고 보고할 수 있습니다.

응용

EMMAA의 주요 응용 분야는 암의 분자 생물학이지만 INDRA 시스템 및 INDRA와 통합된 판독 시스템이 처리할 수 있는 다른 영역에도 적용될 수 있습니다.

설치

사용자는 주로 종속성을 설치할 필요가 없는 대시보드를 통해 EMMAA와 상호 작용합니다.

EMMAA 기능에 대한 프로그래밍 방식 액세스를 로컬로 설정하려면 다음을 수행하세요.

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

EMMAA의 Dockerized 버전은 https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa에서 사용할 수 있으며 다음과 같이 얻을 수 있습니다.

 docker pull labsyspharm/emmaa

자금 조달

EMMAA의 개발은 HR00111990009 상으로 DARPA 자동화 과학 지식 추출(ASKE) 프로그램에 따라 자금이 지원됩니다.